大豆是一种重要的经济作物。我与中科院遗传与发育研究所田志喜研究组合作，对不同驯化阶段的大豆品种做了全基因组变异分析。这项工作根据大豆驯化历程，从世界范围内选取了302个处于不同驯化阶段的代表性大豆种质为研究材料，进行重测序，与已经测序的大豆参考序列比较，总共得到9，790，744个SNPs（单核苷酸突变）。在分析群体系统结构后，我们依据种质驯化的不同阶段和地理分布，将302个大豆划分为8个群体。通过农家种与野生种基因组分析，找到了121个驯化过程中受选择区域;通过改良品种与农家种的基因组分析，发现了109个改良相关的受选择区域。结合GWAS（全基因组关联分析）的数据，我们发现一些受选择区域与重要农艺性状相关。另外我们对地理分布群体进行了群体基因组比较研究，找到一些与适应地理环境相关基因。本项工作于2015年发表在Nature Biotechnology上，本人作为共同贡献一作之一，主要负责了大豆重测序和群体SNPs数据分析的工作。