牙鲆是我国北方重要的经济海水养殖鱼类。由于养殖密度不断增大，人工育苗的累代养殖，牙鲆养殖群体的种质资源正逐渐下降，选育牙鲆的优良品种已迫在眉睫。构建中高密度的遗传连锁图谱是找到与候选性状紧密连锁的分子标记乃至进行分子辅助育种的前提。微卫星DNA由中间的核心序列和两侧保守的侧翼序列两部分组成，核心序列中重复单位重复次数是产生多态性的根本原因。微卫星具有共显性遗传、数量多，多态性丰富，分布广泛均匀、重复性好、结果稳定可靠，检测方便的优点。另外，微卫星标记在不同群体间乃至相近物种间具有很强的通用性，在同一群体雌、雄图谱之间、以及种内不同群体之间图谱的比较和整合中起到了很好的衔接作用，是构建遗传连锁图以及进行QTL定位最佳分子标记。近几年来，以微卫星分子标记为基础相继构建了许多鱼类的遗传连锁图谱。利用本实验室牙鲆基因组测序得到的大量微卫星序列设计特定的引物，以681383B为父本、6812E36为母本杂交获得的F1代为作图群体，利用常规的PAGE电泳对PCR产物进行分离，银染显色后，统计遗传多态。建立了TP-M13三引物巢氏PCR反应体系，通过M13荧光引物的加入，使PCR扩增产物携带有荧光基团，再利用3730DNA Analyzer xl进行毛细管电泳。利用Datcacollction3.0软件将CCD接受荧光信号转化为原始数据(Raw Data)，利用Genemapper3.7对原始数据进行分型统计。利用Jionmap4.0软件构建了牙鲆(Paralichthys olivaceus)微卫星标记(SSR)遗传连锁图谱。雌雄图谱共定位SSR标记396个，其中雄性连锁图谱包括341个标记，分布在24个连锁群上，总长度1528.8cM，标记平均间隔4.82cM，图谱覆盖率为86.50%；雌性连锁图谱包括337个标记，分布在24个连锁群上，总长度1506.2cM，标记平均间隔为4.81cM，图谱覆盖率为86.26%。牙鲆中密度遗传图谱的构建为QTL分析以及分子标记辅助育种进一步奠定基础，并可以有效推动牙鲆的遗传改良工作，推动牙鲆养殖业的可持续发展。