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珠江口盆地番禺地区珠江组与珠海组界线时代以及珠海组的时代归属问题一直有比较大的争议。本文以沟鞭藻化石为研究手段解决地层时代的归属和沉积环境演变,通过沉积环境的演变为南海扩张理论提供新的依据,为中、低纬度渐新世-中新世沟鞭藻化石资料提供必要的补充。通过对番禺低隆起内PY34-1-1井3546-3894m井段和LH19-5-1井2475-2718m井段珠海组顶部和珠江组下部的61个样品研究,发现研究层段沟鞭藻化石含量中等-少量,且保存较好,共鉴别出沟鞭藻化石29属40种/亚种,12个未定种,其中刺孢囊为优势分子。依据PY34-1-1井沟鞭藻组合特征以及Cleistosphaeridium diversispinosum、Cordosphaeridium gracile最高产出层位和Hystrichosphaeropsis obsura、Malitasphaeridium choanophorum、Tuberculodinium vancampoae的最低产出层位,将中新世与渐新世的界线确定在3822m-3834m之间,并且建立了两个组合:晚渐新世Cleistosphaeridium diversispinosum-Cordosphaeridium gracile;早中新世Polysphaeridium zoharyi—Lingulodinium machaerophorum。依据LH19-5-1井沟鞭藻组合特征以及Cordosphaeridium gracile和Cleistosphaeridium diversispinosum最高产出层位,中新世与渐新世的界线确定在2685m-2691m之间,建立了两个组合:晚渐新世Cordosphaeridium gracile;早中新世Cleistosphaeridiumplacacanthum—Lingulodinium machaerophorum。从而判定珠海组时代为渐新世,珠江组底部时代也属于渐新世,珠江组下部的其余层段归属于中新世。根据某些具生态意义的沟鞭藻属在纵向上的含量变化,在PY34-1-1井研究层段内识别出两个古环境阶段。晚渐新世阶段(3834-3894m):沉积环境为内浅海,Polysphaeridium在组合中占绝对优势;早中新世阶段(3546-3834m):沉积环境为外浅海,此阶段内内浅海分子Polysphaeridium的数量急剧减少,而外浅海分子、正常浅海分子Cleistosphaeridium、Spiniferites和Hystrichokolpoma含量增加,同时半深海分子Leptodinium、Nematosphaeropsis和大洋分子Impagidinium的极少量出现,证明了研究区沉积环境从晚渐新世至早中新世经历了水体加深、从内浅海演变到外浅海的环境变迁,指示了当时南海的扩张。