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九叶青花椒（Zanthoxylum armatum v．novemfolius），隶属芸香科（Rutaceae）花椒属（Zanthoxylum L．），为竹叶花椒（Zanthoxylum armatum）一变种，最早发现于重庆江津市，目前在重庆市、四川及贵州等省市有广泛栽培。该变种具果实清香、麻味纯正、产量高、抗逆性强等特点，已逐渐成为重庆市部分区县退耕还林的首选树种。以往对九叶青花椒的研究，主要侧重于出芽育苗、田间管理及丰产技术等方面，而九叶青花椒的起源及遗传多样性分化背景等方面未见报道，极大地限制了其种质资源的开发和利用。本文以九叶青花椒、花椒、竹叶花椒为研究材料，采用传统数量分析方法及Anderson设计的“形象化散点图”和“杂种指数法”，结合RAPD分子标记技术及聚类分析等数值分类学手段，运用SPSS、NTSYS—pc2.02a、POPgene32等计算机软件，从表观形态到分子水平对九叶青花椒的起源及遗传多样性进行了分析和研究，结论如下：（1）无论表观形态还是分子水平的研究，均显示九叶青花椒是竹叶花椒和花椒渗入杂交产生的杂交复合体，且竹叶花椒对杂交复合体的形成贡献大于花椒，其起源地为重庆江津市。（2）九叶青花椒在营养器官呈现出一定形态分化的同时，生殖器官保持相对稳定。（3）适合九叶青花椒的最佳RAPD反应程序为：94℃预变性2min，94℃30s，37℃30s，72℃80s，40个循环，最后72℃10min；最佳反应体系为25μl，其中Taq酶2U，dNTPs（10mM）0.5μl，DNA 50ng，引物1μl（8pmol／μl），2.5μl 10×PCR buffer（20mM MgCl2）。（4）62条随机引物中筛选出16条能扩增出多态性条带的引物，共检测到九叶青花椒居群157个位点，其中多态位点132个，多态位点比率为84.08％，观察到的等位基因数为1.85，有效基因数为1.50。（5）九叶青花椒遗传多样性较为丰富，根据多态位点百分比、Shannon指数及Nei的遗传分化指数估算的4个九叶青花椒居群遗传多样性由高至低的排列顺序均为C＞B＞A＞D。在其种下水平，大部分遗传变异存在于居群内，居群间仅占小部分，有较高水平的基因交流。聚类分析表明，居群C与居群D遗传距离最近，其次是居群A与居群B。（6）九叶青花椒已具有相对独立且稳定的形态特征，形成了不同于花椒及竹叶花椒的分类群，将其定义为竹叶花椒的变种是科学可行的。