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多年的形态学、染色体组学以及DNA序列几个方面均对黑腹果蝇种组的系统发育关系进行了大量的研究,但是至今还没有基于果蝇Y染色体上的基因对黑腹果蝇种组进行系统发育关系方面的研究。本文以果蝇Y染色体上kl-2、kl-3和kl-5三个雄性可育基因的部分编码序列为分子标记,对黑腹果蝇种组及其种亚组的系统发育关系进行了比较全面、细致的研究。
利用三个可育基因的数据,分别用邻接法、最大似然法和Bayesian法构建了黑腹果蝇种亚组进化树,几棵树的拓扑结构基本一致。黑腹果蝇种亚组分为两大谱系：(1)D.melanogaster、D.simulans、D.mauritiana和D.sechellia；(2)D.erecta、D.yakuba、D.teissieri和D.santomea。这与形态学及染色体组学以及分子方面的资料结果一致。
利用kl-2基因的部分编码序列,分别用邻接法、最大似然法和Bayesian法构建了黑腹果蝇种组进化树,几棵树的拓扑结构大部分一致。黑腹果蝇种组分为三大谱系：(1)嗜风梨种亚组；(2)山果蝇种亚组；(3)黑腹果蝇和整个东方种亚组。这与这与形态学及染色体组学以及分子方面的资料结果一致。在第二谱系中D.parvar和D.baimaii与D.trapezifrons、D.auaria复合种聚在一起；在第三谱系中,D.ficusphia与D.elegans聚在-起,并且与东亚复合种聚在一起,而D.eugracilis则单独形成一个大支。另外montium亚组中的一些物种也显示出了与以前不同的结果。