安吉小鲵(Hynobius amjiensis)是我国特有极度濒危物种,分布范围狭窄,种群数量稀少,面临着灭绝的危险。本研究选用MHC (Major histocompatibility complex)基因、细胞色素b(cytochrome b)、重组活化基因2(recombination activating gene)三种分子标记,对安吉小鲵的遗传多样性、遗传结构、系统发生关系、种群历史动态等进行研究,主要的成果如下：(1)安吉小鲵三个地理种群的遗传多样性水平低。基于MHC ⅡB数据、Cyt b数据、RAG2数据对浙江清凉峰(ZJQLF)种群、安徽清凉峰(AHQLF)种群、浙江省龙王山(LWS)种群的遗传多样性水平进行分析,表明安吉小鲵群体呈现出低水平的的遗传多样性,应加强保护管理。(2)空岛效应导致安吉小鲵群体分化程度大。基于Cyt b和RAG2基因整合数据的分析,ZJQLF种群、AHQLF种群、LWS种群间的交流不频繁,各个种群间遗传分化程度非常高。安吉小鲵仅分布于海拔高于1300m的泥炭藓湿地中,空岛效应导致处于不同山系的安吉小鲵种群交流受阻,为种群间的遗传分化提供了机会。(3)安吉小鲵种群曾发生过种群扩张。安徽清凉峰的气候可能受到第四纪冰期的影响,对安吉小鲵种群造成较大的影响。AHQLF种群位于安徽清凉峰腹部,受更新世末次冰期影响较大,具有明显的扩种群张过程。ZJQLF种群和LWS种群长时间相对稳定,未经历过扩张。(4)安吉小鲵三个地理种群被定义为两个进化显著单元。遵循保护遗传学的原理,本研究制定了两个安吉小鲵保护单元,即东部LWS种群为一个独立的进化显著单元,西部的ZJQLF种群与AHQLF种群作为一个大的进化显著单元。因此,安吉小鲵可作为东部和西部两个独立的管理单元开展保护工作。