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数据包络分析（Date Envelopment Analysis,简称DEA）是用来评价同类决策单元相对有效性的一种非参数效率评价方法。对具有复杂生产结构的决策单元，已经从传统的“黑箱式”研究转向了研究决策单元内部联结机制，研究各子系统的效率对决策单元效率的影响形式。具有独立子系统结构的生产单元是生产活动中较普遍的一类复杂生产系统，也是近年来国内外研究的比较多的问题之一。 论文针对具有独立子系统的决策单元排序时有效决策单元排序的不完全性和主观性太强的问题，提出了一种能体现决策者偏好或指标重要程度的两阶段方法，新模型将基于完全包络面的超效率DEA模型、虚拟决策单元以及非径向C2GS2模型引入具有独立子系统的决策单元DEA排序问题中，并用算例进行了分析验证。主要研究工作和成果如下： 1.论文概述了DEA的一些基本理论知识。分析了具有独立子系统的决策单元的几何模型和前人提出的针对此结构决策单元的两种两阶段DEA方法，并指出了两种方法在对相对（弱）有决策单元进一步排序时处理欠妥的缺点。 2.在既考虑决策单元与所有决策单元的相对距离，又考虑决策者的偏好或指标的重要程度的基础上，将基于完全包络面的超效率DEA模型改进为带有决策者偏好的基于完全包络面的超效率DEA模型，并证明了模型的合理性。 3.在前人针对此结构提出的两种两阶段DEA方法和改进的带有决策者偏好或指标的重要程度的基于完全包络面的超效率DEA模型的基础上，提出了一种能体现决策者偏好或指标重要程度的两阶段DEA新方法来解决具有独立子系统的决策单元的排序问题。新方法与前人提出的方法的不同之处在于：新方法的第一阶段改进为排序更合理的、更完全的带有决策者偏好或指标重要程度的基于完全包络面的DEA超效率模型；新方法的第二阶段为了增加区分度，根据DEA的基本理论知识中的优势前沿面理论的优势，加入了一个虚拟有效决策单元。 4.应用两阶段DEA新方法对算例进行了验证，并对排序结果进行了分析，证明新方法的排序结果具有公平性、合理性、完全性。 5.结合超效率模型自身的缺点给出了该问题进一步研究的方向。