中医药是我国数千年临床医学经验的结晶，随着全世界天然产物回归的浪潮，中医药得到了越来越多的关注，化学信息学作为现代药物开发研究中的一个关键步骤，其重要性已经越来越多得到人们的认可。作者在博士阶段做了一些化学信息学方法在中医药研究中的应用，目的是为了在中药中发掘出一些有用的信息，以对进一步实验工作有所帮助。工作分四个部分： 1．对中药有效成分化学空间的分析。并着重讨论了一些与药物开发相关的性质。 2．首次使用化学信息学方法对中药方剂进行系统分析。选择血府逐瘀汤作为研究对象，分析了血府逐瘀汤的化学空间，和心血管重要靶酶的潜在结合能力，以及药代动力学性质。 3．首次对中药中可能存在的聚集情形进行预测。试验中也发现了中药方剂中存在形成聚集体并产生混杂抑制现象，这可能有助于了解中药治疗机制。 4．用遗传算法建立分子的肠吸收模型，并用模型对血府逐瘀汤所含分子进行了预测。 本论文是对上述工作的详细总结，内容安排如下：第一章，对天然产物药物化学和中药开发现状，以及对中医药及世界传统医药的开发利用的新思路的综述。第二章，对化学信息学及其在药物开发领域的简要介绍。第三章，介绍作者对中药有效成分化学空间的分析的工作。第四章，介绍作者对血府逐瘀汤的研究工作。第五章，介绍作者用支持向量机方法建立聚集体预测模型并对中药有效成分及血府逐瘀汤的预测工作。第六章，介绍作者用遗传算法建立分子的肠吸收模型的工作。最后是作者简介和致谢。