建立公共部门注册会计师审计制度,是全面深化经济社会改革、完善国家经济监督体系、促进国家治理体系和治理能力现代化以及提高公共部门透明度和公信力的迫切要求。我国现有行政体系下,国家公共资源审计以政府审计为主导。然而,政府审计由于受到监督范围、能力水平及审计人员人手不足等综合因素的影响,其审计范围和审计频率都无法满足公共部门的发展需求。党的十八届三中全会、四中全会、全国财政工作会议均提出要加大社会管理模式创新,大力推广政府购买社会组织服务。这些文件和政策的出台,标志着我国公共部门注册会计师审计制度的建立和完善已经迫在眉睫。然而,在对于公共部门实行注册会计师审计的先行试点中虽然已经取得了一些成果,但也在实际执行中暴露出了一些问题,因此本文希望通过寻找和发现实务中所显现出的问题并提出相应的对策,为完善我国公共部门注册会计师审计制度提供帮助。首先,本文基于国内外学者的研究,在充分学习相关理论的基础上,结合J省前期政府购买注册会计师审计服务实践分析,设计了“J省公共部门注册会计师审计现状调查问卷”,了解J省的公共部门注册会计师审计制度的实施情况,根据问卷结果分析发现:J省公共部门存在业务执业规范和指引落后、业务取得方式和计费标准公平性有待改进、专业人才储备无法满足实际需求、审计结果公开程度较低等问题。其次,本文采取案例分析的方式,以XA医院为例,通过实地调查,了解XA医院的审计业务内容,分析其中存在的问题,并针对这些问题提出一些具有普适性的对策,指出公共部门财务报告审计过程中需要注册会计师特别关注以及需要相关准则进行有效指导的事项,帮助注册会计师更好地完成审计工作。最后,本文针对我国公共部门注册会计师审计实务中现存的问题,从政府层面提出尽快制定发布公共部门审计准则、规范业务委托方式与业务收费标准、建立公共部门注册会计师审计经费保障机制、将公共部门审计报告加入政府信息公开条例的建议;从公共部门层面提出健全审计结果运用机制与审计信息披露机制、加强审计知识学习的建议;在注册会计师层面提出明确准则的适用优先级、加大专业人才培训力度的建议。