【摘 要】
：
生存性状在全基因组关联分析（Genome-wide association study,GWAS）中一般用生存状态和生存时间来描述,由于这两种表型均不服从正态分布,传统的线性混合模型关联分析不适用于该性状的数量性状核苷酸（Quantitative trait nucleotides,QTNs）定位。因此,在实际的生存分析过程中,往往采取将参数和半参数模型镶嵌到数量性状框架内的方式,达到定位生存性状
论文部分内容阅读
生存性状在全基因组关联分析（Genome-wide association study,GWAS）中一般用生存状态和生存时间来描述,由于这两种表型均不服从正态分布,传统的线性混合模型关联分析不适用于该性状的数量性状核苷酸（Quantitative trait nucleotides,QTNs）定位。因此,在实际的生存分析过程中,往往采取将参数和半参数模型镶嵌到数量性状框架内的方式,达到定位生存性状的目的。其中,Cox比例风险模型被认为是用于分析生存性状的一种非常重要的模型。因为目前缺少有效的水产动物生存性状分析方法,所以本文将生存分析中的Cox比例风险模型应用于水产动物遗传领域的全基因组关联分析中,提出了一种新的高效的生存性状全基因组关联分析方法。该方法基于Cox混合效应模型（Cox mixed-effects models,CMEMs）,将GRAMMAR（Genomewide Rapid Association Using Mixed Model and Regression）法与生存性状结合起来,把估计的基因组育种值（Genomic breeding values,GBVs）作为已知预测因子,然后通过使用基因组控制来校正关联检验统计量,成功将GRAMMAR-Lambda拓展到了生存性状领域。本研究基于人类数据集,模拟了不同删失率和QTNs组合条件下的生存性状。计算机模拟试验表明:（1）估计GBVs时,不需要预先估计基因组遗传力,可以在一定范围内给定,一般地可以默认设置为0.5,或者设置为检验性状的经验遗传力。（2）计算亲缘关系矩阵时,使用通过少量的抽样标记来估计GBVs,就可以达到和全标记一样的效果。（3）近乎完美的基因组控制,在保证与COXMEG（Cox mixed-effects models for genome-wide association studies）方法相同的统计功效的情况下,运算速度比其快几十倍。通过对虹鳟（Oncorhynchus mykiss）立克次氏体病、人类四种疾病（Type 1diabetes、Malignant neoplasm of prostate、Chronic ischemic heart和Stroke）和虹鳟传染性胰脏坏死性状的全基因组关联分析证实:在复杂结构较高的群体中,GRAMMAR-Lambda比COXMEG方法具有更好的统计功效,运算速度比其快;在复杂结构低的群体中,GRAMMAR-Lambda与COXMEG方法有相同的统计功效,运算速度比其快数十至数百倍。这为开展其他水产动物的生存性状GWAS研究和遗传结构解析提供了新的方法依据,具有重要的生物学意义。
其他文献
养殖水体中过量的氮元素会引起养殖环境恶化并严重影响养殖效益,生物脱氮是循环水养殖系统水处理工艺的核心单元。微生物固定化技术可显著提高好氧反硝化菌脱氮效果稳定性及对周围环境的抗逆性等优点,是提高循环水养殖系统生物滤器水处理性能的关键突破点。因此,本研究以循环水养殖系统生物滤池填料为材料,分离获得具有高效好氧反硝化功能的益生菌,通过填充改性聚丁二酸丁二醇酯[Poly（butylene succinat
为实现自由曲面的定位与位姿高精度测量，提出了“光学-机械”基准定位法，建立了位姿测量模型，并对该方法的定位误差和基准选择展开研究。根据三坐标测量机与计算全息提出了“光学-机械”基准定位法。然后，采用球形安装的回射器（Sphere Mounted Retroreflector,SMR）、猫眼、基准球作为基准，基于波像差理论与视差效应分别建立了3种基准的位姿测量模型，得到了位置误差与基准区域波前像差的
海州湾处于山东与江苏沿岸,是典型开放型海湾,处于南北气候过渡带。是我国典型的紫贻贝（Mytilus galloprovincialis）养殖区,年产值可达3亿元。而随着养殖规模扩大,近岸养殖密度增加,加之陆源污染物的输入,近岸养殖区生态环境有受到污染的风险,导致病害增加、养殖效益降低,为使养殖区生态环境更健康,缓解海洋食品生产的资源环境压力,形成新的海洋技术和产业优势,海水养殖逐渐向离岸区发展。在
抗生素和中草药联合使用不仅可以影响疗效,还能解决药物残留和耐药性的问题,在水产用药中具有良好的发展前景。本文研究了青蒿素在斑点叉尾鮰体内的安全性及药代动力学特征,然后研究了其对恩诺沙星药代动力学和残留消除规律的影响,为制定水产养殖中青蒿素和恩诺沙星的合理用药方案和休药期提供参考依据。首先,将斑点叉尾鮰按照不同剂量（20、50和100 mg/kg体重）连续口灌青蒿素5次,每次间隔24 h,观察试验鱼
习近平总书记在《求是》杂志发表的文章强调,解决好农业、农村、农民问题是全党工作的重中之重,守好“三农”基础是应对国际国内形势变化、开启社会主义现代化新征程的“压舱石”,因此必须全力推动乡村振兴。实现乡村振兴,产业振兴是关键,发展农业产业是实现产业振兴、促进农业现代化的必然选择。实现农业产业的持续健康发展,需要多主体的共同配合协作,农业的特殊性,决定了在农业产业发展中,政府起着非常重要的关键性作用,
研究不同浓度茉莉酸甲酯（MeJA）对吐鲁番地区‘克瑞森无核’葡萄果实着色及品质的影响，为合理利用茉莉酸甲酯改善‘克瑞森无核’葡萄果实着色及品质提供参考。以吐鲁番地区‘克瑞森无核’葡萄为试材，于果实着色前和着色初期分别使用不同浓度（20、60、100 mg/L）茉莉酸甲酯喷施果穗2次。采收期测定果实色泽和品质指标，分析不同处理下指标间差异，并通过隶属函数法对果实色泽指标和品质指标进行综合评价，以确定
大口黑鲈（Micropterus salmoides）隶属鲈形目（Perciformes）、太阳鱼科（Centrarchidae）、黑鲈属（Micropterus）,原产于北美淡水水域,是重要的游钓鱼类。大口黑鲈于20世纪80年代由中国台湾省引进,由于其肉质鲜嫩且无肌间刺,广温性、生长快及易捕捞等优点,已成为我国重要的淡水养殖品种之一。随着大口黑鲈养殖规模的扩大,在高温季节,各类病害问题的频繁发生
在利用盐碱水体鱼类养殖过程中,淡水培育的苗种分塘饲养时,如果直接将其投放到中高盐碱水体中,经常会出现苗种不能适应新环境,造成死亡率高的问题。但经过一定中低盐碱的适应性驯化后,可有效增强苗种的抗逆性性能,达到提高成活率的目的。大鳞鲃（Lucio Barbus capito）成鱼体重可达5～10 kg,该鱼具有食性广、生长速度快、肉质鲜美、抗逆性强等优良养殖特性,2003年从乌兹别克斯坦引入大鳞鲃中国
从生态学上讲,稻渔综合种养是在稻田生态系统中引进鱼（虾、蟹等）后形成以稻和鱼（虾、蟹等）为主导生物的共生生态系统。黑龙江省地处高寒地区,水产动物在稻田中生长周期短,适宜养殖品种较少。本研究通过对养殖对象的生产性能变化、环境参数变化、系统氮磷收支情况等方面进行研究,以期初步阐明寒区稻渔综合种养模式的运作机制,并为完善寒区稻蟹共作模式提供一些重要的技术参数。具体结果如下:1.寒区不同稻渔综合种养模式的
新一轮课程改革启动以来，整本书阅读教学得到了各方面的重视。但囿于学校课程教学的局限性以及各校学情的不同，整本书阅读教学面临着巨大的挑战，如何将整本书阅读在中小学的名著教学中盘活，文章以《西游记》整本书阅读的教学为例，提出以项目式学习为抓手，基于剧本秀的整本书阅读策略进行阅读教学的理念，具体从项目学习的情境设置、任务设置、测评三纬度落实核心素养培养，并针对实践进行反思。