KIF11、AURKA和MCM2在皮肤鳞状细胞癌中的生物信息学分析与初步表达验证

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研究背景及目的皮肤鳞状细胞癌(cutaneous squamous cell carcinoma,cSCC)起源于表皮或附属器角质形成细胞,是第二大常见的皮肤恶性肿瘤,好发于曝光部位,如面部、头皮、颈部、手背等。近年来,生物信息学技术的发展为快速研究肿瘤基因或细胞在特定条件下的表达情况,以及探索关键基因的特征和规律提供了可能。本研究应用生物信息学技术筛选了皮肤鳞状细胞癌的关键基因KIF11、AURKA和MCM2,进而探讨其在皮肤鳞状细胞癌中的临床意义及与各种临床病理学特征的关系,为进一步研究cSCC的发病机制和诊疗提供依据。研究方法1.从基因表达数据库中下载cSCC的相关芯片数据集(GSE98780和GSE66359),筛选出cSCC和正常皮肤组织的差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs),并进行功能富集分析和蛋白互作网络分析。使用Cytoscape软件获取关键基因,运用cBioPortal数据库对关键基因进行生存分析,并通过在线数据库Oncomine分析关键基因在cSCC中的表达情况。2.收集30例皮肤鳞状细胞癌组织及16例正常皮肤组织,采用免疫组织化学染色法分别检测上述关键基因(KIF11、AURKA和MCM2)在不同皮肤组织中的表达情况,并分析其与皮肤鳞状细胞癌患者临床病理特征的关系。采用Spearman检验分析KIF11、AURKA和MCM2之间的相关性,以P<0.05考虑差异有统计学意义。结果1.通过两组芯片数据集共筛选出164个DEGs,其中,上调差异表达基因108个,下调差异表达基因56个,KEGG通路分析显示差异表达基因显著富集在DNA复制和细胞周期通路功能。通过构建PPI网络筛选出KIF11、KIF20A、AURKA、MCM2和MCM4为高度连接的5个关键基因,其中AURKA、MCM2及MCM4在多个Oncomine数据库的cSCC数据集中显著表达(P<0.05)。2.选取KIF11、AURKA和MCM2在cSCC及正常皮肤组织中进行表达验证。免疫组织化学结果显示与正常皮肤组织比较,KIF11和MCM2蛋白在cSCC组织中表达的阳性率分别为70.0%、90.0%,差异具有统计学意义(P<0.05)。AURKA蛋白在cSCC和正常皮肤组织中表达阳性率分别为13.9%、0,两者相比差异无统计学意义(P>0.05)。3.KIF11、AURKA和MCM2蛋白的异常表达与不同性别、年龄、肿瘤部位、肿瘤大小、分化和侵袭程度、有无脉管/神经/淋巴管转移,组间均无相关性(P>0.05)。4.Spearman相关性分析显示,KIF11、AURKA和MCM2在cSCC组织的表达水平,两两相互之间均无相关性(P>0.05)。结论1.通过生物信息学途径分析得出KIF11、AURKA和MCM2可能在皮肤鳞状细胞癌发病过程中起重要作用。2.KIF11和MCM2在皮肤鳞状细胞癌组织中高表达,可能参与肿瘤的发生、发展机制,是cSCC临床诊疗的新靶点。
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