基于社区人群的替加环素耐药基因-tet(X)新型变异体遗传环境分析及其危险因素研究

来源 :福建医科大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:yk946524
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目的研究深圳社区人群中tet(X)新型变异体耐药基因的携带率;研究深圳社区人群携带tet(X)新型变异体耐药基因的相关危险因素;阐明人群携带tet(X)新型变异体耐药基因的遗传背景,探讨tet(X)新型变异体的分子传播机制,为进一步明确传播途径及进行公共卫生干预提供参考。方法1.采用横断面研究的方法,在2018年2月1日至2019年12月31日,招募合格的社区人群作为研究对象,通过荧光定量PCR实验鉴定其是否携带ISCR2可移动元件、tet(X)及其新型变异体,计算携带率;2.采用以社区为基础的病例-对照研究,通过结构化问卷进行调查,调查内容包括基本情况、医疗药物接触、生活方式因素和膳食情况等,将携带tet(X4)耐药基因的35人作为病例组,筛选非携带tet(X4)耐药基因人群140人作为对照组,分析获得tet(X4)耐药基因的危险因素;3.通过全基因组测序技术获得6株tet(X4)阳性的大肠杆菌的基因组序列,采用质粒比对、基因注释及进化树分析探讨人群携带的tet(X4)耐药基因的遗传环境;4.采用Spearman秩相关分析检验tet(X4)耐药基因与ISCR2移动元件间的相关性,通过秩和检验比较ISCR2移动元件与tet(X4)耐药基因间的丰度差异;5.对tet(X4)阳性大肠杆菌进行药敏试验,明确其耐药表型。结果1.本次共招募志愿者719人,纳入538人作为研究对象;调查显示2018至2019年,深圳市社区人群中tet(X/X2)携带率为47.2%,tet(X1)为15.1%,tet(X4)为6.5%。2019年的tet(X4)的检出率高于2018年(8.2%vs 4.9%)。此外,tet(X4)耐药菌的分离率为1.1%;2.一周内接触塑料(水杯、塑料袋及餐具)(OR=2.962,95%CI:1.185~7.403)、牛奶日摄入量>65.75 g(OR=2.827,95%CI:1.163~6.867)及蔬菜日摄入量200~300 g(OR=3.639,95%CI:1.364~9.709)与增加人们携带tet(X4)耐药基因的风险相关;鸡蛋日摄入量>50g(OR=0.406,95%CI:0.173~0.951)及面粉日摄入量>100 g(OR=0.167,95%CI:0.043~0.643)与减少人们携带tet(X4)耐药基因的风险相关;3.经过全基因组测序及分析:(1)获得52 kb大小的Inc X1质粒(p663Rt_52k_tet X)及247 kb大小的Inc FIA(HI1)/Inc HI1A/Inc HI1B(R27)复杂型质粒(p886Rt_247k_tet X),两个质粒上都包含有tet(X4)、tet(A)及tet(R)三种四环素耐药基因,还含有大量IS可移动元件与Tn家族转座酶;(2)从6株阳性菌株中分离到2种环状中间体(4608 bp及14 kb),通过注释及分析,发现所有tet(X4)基因所在的序列上都含有abh-tet(X4)-ISCR2这一结构;(3)tet(X4)耐药基因的相对丰度与ISCR2移动元件的相对丰度呈正相关(r=0.431,P=0.014),且在实时荧光定量PCR检测的34例tet(X4)阳性病例中,ISCR2移动元件的相对丰度显著高于tet(X4)耐药基因的相对丰度(Mann-Whitney U=64,P<0.001);(4)编号为713及663的志愿者所分离出的环状中间体及质粒具有高度的相似性,问卷信息回溯显示二人为夫妻关系;(5)进化树分析表明tet(X4)基因阳性的菌株中都含有tet(A)和flo R基因,且部分人源质粒与猪源质粒亲缘关系较近;(6)药敏试验表明6株tet(X4)阳性的大肠杆菌对所有四环素类抗菌药物耐药,部分携带tet(X4)耐药基因的大肠杆菌对β-内酰胺类、氨基糖苷类、磺胺类及氟喹诺酮类抗菌药物具有一定的抗性。结论1.tet(X)及其变异体在人群中的富集程度较高;2.一周内使用塑料制品(水杯、塑料袋及餐具)、牛奶日摄入量>65.75 g及蔬菜日摄入量200~300 g与增加人们携带tet(X4)耐药基因的风险相关;鸡蛋日摄入量>50 g及面粉日摄入量>100 g与减少人们携带tet(X4)耐药基因的风险相关;3.人源分离的tet(X4)阳性大肠杆菌具有与动物源报道的类似的遗传环境,且存在tet(X4)耐药基因的质粒重组现象;ISCR2可移动元件在tet(X4)基因的转移过程中起到关键的作用;4.本研究第一次报道了家庭聚集性的tet(X4)基因的检出,表明共同的生活饮食习惯或者粪-口途径会导致人们获得tet(X4)阳性耐药菌;5.部分人源tet(X4)阳性的大肠杆菌与猪源亲缘关系较近;药敏试验表明6株tet(X4)阳性的大肠杆菌对所有四环素类抗生素耐药。
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