丹顶鹤（Grus japonensis）是重要的湿地环境指示物种,目前西部野生种群的数量逐渐下降。动物肠道中寄居着丰富多样的微生物,在宿主的生理健康方面发挥重要作用。因此为了丹顶鹤野生种群数量恢复,本研究通过扎龙保护区迁地保护的两种管理模式（笼养和半散养）下丹顶鹤肠道微生物群落的比较研究,探究不同管理模式对丹顶鹤肠道微生物的影响,为丹顶鹤保护提供部分理论参考。1.本研究基于16S rRNA高通量测序技术,对黑龙江扎龙国家级自然保护区半散养和笼养丹顶鹤的肠道细菌群落组成和多样性进行了比较。结果表明,变形菌门（Proteobacteria）（74.39%）和厚壁菌门（Firmicutes）（25.29%）构成扎龙自然保护区丹顶鹤的肠道优势菌门。主要优势菌属包括:嗜冷杆菌属（Psychrobacter）（30.44%）,假单胞菌科假单胞菌属（Pseudomonadaceae＿Pseudomonas）（17.46%）,乳杆菌属（Lactobacillus）（5.76%）,芽孢八叠球菌属（Sporosarcina）（5.50%）,环丝菌属（Brochothrix）（4.33%）,不动杆菌属（Acinetobacter）（4.32%）,乳球菌属（Lactococcus）（1.55%）,肉杆菌属（Carnobacterium）（1.52%）,肠杆菌科假单胞菌属（Enterobacteriaceae＿Pseudomonas）（1.26%）,泛菌属（Pantoea）（1.06%）。半散养和笼养丹顶鹤的肠道细菌群落组成存在显著差异（P=0.001）,肠道菌群的Alpha多样性不存在显著差异（P＞0.05）。PICRUSt2分析表明,扎龙保护区丹顶鹤肠道菌群相关基因功能预测主要为代谢（Metabolism）,包括氨基酸代谢（Amino acid metabolism）、碳水化合物代谢（Carbohydrate metabolism）、辅助因子和维生素代谢（Metabolism of cofactors and vitamins）等。2.本研究同时关注性别和年龄因素对丹顶鹤肠道细菌群落的影响。笼养丹顶鹤1-4岁年龄段中,只有3岁与4岁丹顶鹤肠道细菌群落组成不存在显著差异（P=0.186）,其余年龄组两两之间差异显著（P≤0.002）。不同年龄丹顶鹤由于不同的营养生理需求,会选择显著增加某些特定微生物,变形菌门的Pseudomonadaceae＿Pseudomonas在4岁丹顶鹤肠道菌群中显著增加,厚壁菌门的Brochothrix在2岁丹顶鹤肠道菌群中显著增加,厚壁菌门的Carnobacterium在1岁丹顶鹤肠道菌群中显著增加（P＜0.05）。2岁丹顶鹤肠道细菌群落的Chao1指数显著高于1岁和4岁的丹顶鹤（P＜0.05）。PCoA排序分析结果表明,饲养模式对丹顶鹤肠道菌群的影响效应大于年龄因素。雌性和雄性半散养丹顶鹤的肠道细菌群落组成和Alpha多样性均不存在显著差异（P＞0.05）。本研究主要结论为:（1）饲养模式对丹顶鹤肠道微生物群落组成有显著影响（P=0.001）。（2）年龄因素显著影响丹顶鹤肠道微生物群落结构（P≤0.002）,但成年后其肠道微生物群落保持相对稳定,丹顶鹤肠道菌群的丰富度随年龄增长先增后减直至稳定,2岁是其重要的转折期。（3）饲养模式的影响效应大于年龄因素。（4）性别对丹顶鹤肠道微生物群落结构无显著影响（P＞0.05）。