二十世纪八十年代末,我国为促进农业发展在农村实行了以“家庭联产承包责任制”为核心的经营体制改革,伴随着这一历史跨越性事件农民专业合作经济组织（以下简称农专组）应运而生。随着农业经济的发展，农专组发挥着越来越重要的作用，农专组不仅是推进农业产业化发展的重要载体，而且是有效解决“小生产”与“大市场”之间矛盾的组织，对农民收入增加具有显著的效果。近年来，在国家农业经济发展政策的指导下，玛纳斯县农民专业合作经济组织快速发展壮大，尤其是农民专业合作社的发展最为迅速，所以本文以玛纳斯县农民专业合作社作为研究重点对象具有代表性和典型性。现阶段由于玛纳斯县多数农民专业合作社缺乏管理经验、利益机制不规范导致合作社发展参差不齐，虽然农民专业合作社的数量在迅速增加但是农民专业合作社在整体运行质量上相对较低。利益是联结农民合作经济组织成员之间的桥梁，建立科学、完善的利益机制就成为农民经济合作组织生存和发展壮大的关键因素。因此，积极探索和研究玛纳斯县农民专业合作社利益机制对玛纳斯县农民专业合作社今后更好、更快的发展具有重要意义。本文从优化和构建公正完善的利益联结机制、利益分配机制以及利益保障机制的视角出发，以现阶段玛纳斯县农民专业合作经济组织为基础，针对农民专业合作社进行重点研究，通过对农民专业合作社进行实地调研对合作社管理者进行深入访谈、向组织成员发放调查问卷以及通过政府部门获取资料等形式，对合作社的产权结构、内部管理状况、利益联结、分配以及保障状况有了详细的了解。结合新制度经济学的产权与交易费用理论、制度变迁理论以及利益相关者理论，具体分析阐述了影响农民专业合作社利益机制运行的因素。通过分析并结合现阶段我国农民专业合作社利益机制运行的经验总结,深层次的剖析玛纳斯县农民专业合作社利益机制运行中出现的问题，最终提出合理优化和构建适合玛纳斯县农民专业合作社健康发展的利益机制形式以及相关政策建议。通过深入研究本文得出以下几点结论：1.利益是联结农专组成员之间的纽带，也是农专组存在和发展的根本原因与源动力。因此，建立科学、完善的利益机制是农民专业合作经济组织生存和发展壮大的关键和核心。2.清晰的产权结构是优化和构建完善利益机制的前提，科学合理的内部管理是优化和构建完善利益机制的保障，合作组织成员的参与度和利益分配的满意度是优化和构建合理利益机制以及后续发展的关键因素。3.尽可能的发展基层合作社之间相互结盟，团结起来形成合作社区域联合社。利用互联网、电子商务等科技手段最终形成全国合作社联合社。这一创新会造福更多的农民。利益联结机制、利益分配机制和利益保障机制共同构成农民专业合作经济组织的利益机制。