大理地区NTM临床分离优势菌群MLVA法基因分型研究

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目的:运用16SrRNA基因了解云南大理地区常见致病性非结核分枝杆菌(non-tuberculosismycobacteria,NTM)的流行状况;探讨运用基因多位点数目可变串联重复序列(Multiple locus variable-number Tandem-repeat,MLVA)基因分型法在云南大理地区非结核分枝杆菌中的运用。方法:1.收集云南大理地区经对硝基苯甲酸(P-Nitrobenzoic acid,PNB)和噻吩-2-羧酸肼(2-Thiophenecarboxylic acidhydrazide TCH)初步鉴定的致病性非结核分枝杆菌临床分离株,设计16SrRNA和hsp65双靶基因引物,以初步鉴定为NTM的临床分离株的DNA为模板进行聚合酶链反应(Polymerase chain reaction,PCR),PCR产物经测序后经Blast比对进行菌种鉴定。2.对经过菌种鉴定的、培养良好的非结核分枝杆菌菌株利用MLVA法进行基因分型研究,运用BioNumerics(6.6)软件对其进行数字化处理和聚类分析。结果:1.通过16SrRNA和hsp65两对引物进行分子菌种鉴定后,结果显示有10株非结核分枝杆菌,其中鸟分枝杆菌8株,其次是脓肿分枝杆菌2株。由此可以看出,鸟分枝杆菌为大理地区的优势菌株。2.经聚类分析结果显示鸟分枝杆菌分为共4群(A、B、C、D),7个基因型。A群有2个基因型,有2株,占总菌株数的25%;B群有3个基因型,有4株,占总菌株数的50%;C群有1个基因型,有1株,占总菌株数的12.5%;D群有1个基因型,有1株,占总菌株数的12.5%。在8株鸟分枝杆菌中,B群中有一簇,有2株菌株,成簇率为25%(2/8),6株未成簇,占75%(6/8)。A、C、D群中没有成簇菌株。结论:1.在非结核分枝杆菌菌种鉴定中,运用16SrRNA基因,被更精确的鉴定为NTM不同菌种。大理地区主要以鸟分枝杆菌为主要的优势菌群。2.大理地区非结核分枝杆菌有较高的DNA基因多态性,从该聚类分析图可得出MLVA基因分型分为4个基因群,主要的流行菌群为B群。
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