柑橘不仅是世界第一大果树,还是我国第二大水果,据统计数字显示中国柑橘产量位居世界第一。中国作为柑橘重要的原产中心之一,拥有丰富的柑橘资源。红橘作为我国的传统柑橘资源与其它宽皮柑橘相比,其鲜艳的果皮色泽成为其发展的优势之一,然而我国传统红橘存在果实种子多,熟期集中,果实有异味,不耐储藏等缺点,其种植面积呈逐年减少的趋势,反之国外红橘品种种植面积不断加大。在此情况下选育少核,熟期分散,无异味或异味小,耐贮藏的红橘品种,不仅能丰富柑橘消费市场的品种还对我国红橘资源资源的开发利用与保存具有重要意义。本研究通过三种分子标记的方法,对在湖北荆门发现的少核,易化渣,异味小的红橘优系进行了遗传鉴定,对收集的红橘资源亲缘关系进行了研究,不仅为红橘优系品种鉴定与审核提供了重要依据,还为我国红橘资源的收集与保存提供了重要的理论基础。主要研究结果如下：1.对红橘优系及收集的部分材料的单果重、纵横径、可固、Vc、囊瓣数、种子数及种子胚的特性进行了测定,并进行了分析比较。结果表明：与古老红橘、朱橘相比,具有单果种子少,口感优良,化渣程度好,异味小等优良特性。并且收集的宽皮柑橘类资源中除克里曼丁种子具有单胚性,其余包括25份红橘和朱橘在内的27份材料均具有多胚的特性。2.通过23对SRAP (sequence-related amplified polymorphism)引物对包括25份红橘在内的27份材料的遗传关系进行研究,统计扩增得到的清晰且具有多态性的条带,最终27份样品材料共得到399条多态性条带,平均每对引物扩增出的条带数为17.3。采用UPGMA (unweighted pair-group method, arithmetic)聚类,构建亲缘关系树图。结果显示红橘优系与浙江衢州的满头红亲缘关系最近,遗传相似性系数为0.992。且红橘优系亚组里面还包含少核朱红橘母树、少核朱红橘和秭归红橘1,遗传相似性系数都很高。3.对收集的包括25份红橘在内的32份样品材料进行AFLP分析,从98对AFLP (amplified fragment length polymorphism)引物中得到11对扩增效果好的AFLP引物,经AFLP标记得到317条多态性条带,平均每对引物扩增得到28.8条多态性条带。红橘优系与浙江衢州满头红的相似性系数为0.993,而未找出红橘优系与10号少核朱红橘的差异,这可能与引物的选择有关。对红橘优系与浙江衢州的满头红的差异片段进行回收、测序和BLAST比对分析,最终得到长度分别为105bp、142bp、157bp的三个序列。105bp的序列与中国甜橙的一个Copia反转录转座子Tcs2的相似度达97%。来自两对不同引物组合扩增得到的142bp和157bp的序列分别以99%和100%的相似性与甜橙的一段长为160129bp的叶绿体基因比对上。4.筛选了50对SSR (simple sequence repeat)引物,最终得到14对扩增效果好的引物,在32份材料中扩增产生了137条多态性条带,平均每对引物产生9.8条多态性位点。SSR标记能把材料里的橘类、橙类、柚类很好的区分开来,但在区分同一亚组的材料时表现区分效果差,且没有发现红橘优系与浙江衢州满头红的差异条带。5.三种标记聚类的拓扑结构基本一致,且三种标记结果共同说明了红橘优系与浙江衢州满头红、少核朱红橘、秭归红橘1的亲缘关系较近。三种标记结果的比较分析显示三种标记在区分水平上存在差异,且AFLP和SRAP在区分亲缘关系较近的物种上优于SSR。由于每种标记有其优缺点,因此为更加真实的反应材料间亲缘关系的远近,综合多种分子标记和应用更多的引物组合进行亲缘关系的研究是很有必要的。