蛋白质-配体的相互作用分析广泛应用于生物信息学研究、蛋白质设计、药物筛选、小分子化学合成等多个方面,研究领域也有相关的分析工具。但是多数工具缺少实时性的可交互、可视化界面以及对蛋白-配体动态轨迹相互作用的分析和可视化的功能。因此,本文提出了一个新的动态可视化蛋白-配体相互作用的系统应用,旨在帮助用户能够快速方便的上传数据并得到相互作用信息可视化结果。本系统采用网站应用服务的形式实现,该形式能够最大程度的简化用户使用步骤,整体更加智能和自动化。整个系统的实现经过了前期的背景调研、需求分析、系统整体设计、系统的开发和实现、系统的部署和测试五个步骤。整体开发主要分为前端、后端和数据库三部分内容,按照功能分类,主要包括了用户上传数据、任务分析、结果可视化、辅助性业务四大板块。上传数据功能主要负责检验用户提交的任务是否正常以及任务保存。任务分析则是系统的核心功能,实现了对用户任务数据的保存、预处理、分析和结果的输出,主要集中在后端的实现上,前端页面只负责告知用户当前的分析状态。结果可视化主要包括2D可视化和3D可视化,其中2D结果信息包括相互作用雷达图、相互作用时间分布图、蛋白-配体稳定性分析图,3D可视化主要包括了动态的、立体的蛋白-配体相互作用结果,并能够通过可交互功能进行自定义筛选和分析。辅助性业务则主要包括了用户文档、用户教程、历史结果查询、结果下载等页面请求功能。本文还将整个系统部署到了服务器,并对整个系统进行了全面的测试和验证,保证了系统的高可靠和安全性。本系统在开发和实现中引入了一些必要的技术和工具。在前端方面,主要使用CSS、Bootstrap和j Query来实现页面的设计开发,后端采用了Django作为基础框架,以基于功能表征和规则匹配过滤的PLIP算法实现相互作用的计算,数据库选用My SQL,负责保存用户任务和分析结果。在系统部署方面,选用Nginx作为代理服务器,并利用Gunicorn、Supervisord和Init.d实现系统的高可靠服务。本文实现了一个对外开放、免费使用的蛋白-配体相互作用网站服务,实现了用户上传文件,系统快速分析原始数据,并反馈相互作用、蛋白-配体稳定性结果的服务,为生物信息学研究、药物设计等领域提供一份助力。