1421年，明成祖迁都北京，旧都南京成为留都，健全的中央官署建置、洪武时期国家祭祀坛庙与孝陵的存在、皇城内府的继续运作使留都不同于先代的陪都。过去，明代宫廷典制史研究以首都为主线的转移使得留都的宫廷典制史研究成为明史研究中的白页。本文对1421年—1644年的南京宫廷典制进行较为系统的论述。迁都之后，明代诸帝之中仅有宣宗曾以皇太子身份居守南京，武宗则是唯一亲至南京的皇帝，这是一个没有皇帝的宫廷。留都宫廷事务的管理处于守备体制与五府六部结合的留都管理体制之下，南京守备、礼部、兵部、工部、光禄寺、太常寺、鸿胪寺等衙门皆参与留都宫廷管理。南京守备诸官是南京留守体制核心，外守备职掌涉及宫廷防护、祭祀等诸项事务，内守备直接管理南京内府。礼部、光禄寺、太常寺、鸿胪寺各行其职，管理留都的各项祭祀活动；守备厅、工部、光禄寺、太常寺或为南京内府生产提供原料，或为北京提供贡物以满足北京部分祭品及上供的需要。留都内府衙门则使宫廷基本成为一个官营手工业的基地，备办贡物成为其的主要任务。南京自迁都以后，祀典虽或存或废，但两京完整的祭祀体系存在潜在冲突，正德时期便发生了两京制下的郊祀之争。嘉靖时期的礼制改革是留都祀典演变的分水岭，世宗归并两京国家祭祀体制的举措，基本解决了这一矛盾。南京祭祀体制由迁都之前的完整祭祀体制转变为凸显孝陵、奉先殿家族祭祀的体制。南京宫室自迁都之后，仅在洪宣之时以“还都”为由进行了一次大规模修缮，之后仅是有原则对保持功能的宫室进行修缮，基本原则在万历时期确定，余下宫殿大都任其废弃。