粘细菌的分子分类及菌种保藏研究

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本文首先选取30株河北省微生物多样性研究与应用实验室分离纯化并保藏的粘细菌,进行了基于16S rDNA序列的系统发育分析,并对其中一部分菌种进行了G+C摩尔百分比含量分析及DNA-DNA体外分子杂交。对30株粘细菌的16S rDNA序列测定结果表明:其系统发育地位应为细菌域(Bacteria)、变形杆菌门(Proteobacteria)、δ-变形杆菌纲(Delta-proteobacteria)、粘球菌目(Myxococcales)、孢囊杆菌亚目(Cystobacterineae).菌株92054应属于珊瑚球菌属(Corallococcus),菌株91081应归入蜂窝囊菌属(Melittangium),其余28株菌应属于粘球菌属(Myxococcus)。菌株92054与珊瑚状珊瑚球菌(Corallococcus coralloides)DSM 2259T的亲缘关系最近,16S rDNA序列相似性是99.79%。菌株91081与地衣菌蜂窝囊菌(Melittangium lichenicola)DSM 2275T的亲缘关系最近,16S rDNA序列相似性为99.80%。根据这28株粘球菌属菌株的系统发育关系,可将之分为3个类群。菌株WH114s-1等22株菌与橙色粘球菌(Myxococcus fulvus)ATCC 25199T的亲缘关系最近,其中,菌株WH114s-1和菌株90032等5株菌与ATCC 25199T的16S rDNA序列相似性是100%,菌株92101和菌株91066等15株菌与ATCC 25199T的16S rDNA序列相似性达99%以上;菌株92041、90012和94009与浅黄粘球菌(Myxococcus flavescens)NBRC 100081T的亲缘关系最近,其中,菌株90012和菌株92041与NBRC 100081T的16S rDNA序列相似性是100%,菌株94009与NBRC 100081T的16S rDNA序列相似性达99%以上;菌株92086、92122和91040与变绿粘球菌(Myxococcus virescens)DSM 2260T的亲缘关系最近,其16SrDNA序列相似性分别是100%、99.93%、97.79%。为验证28株粘球菌属的供试菌株的亲缘关系,选取了其中10株供试菌株,进行了DNA-DNA体外分子杂交。对粘球菌属10株菌株DNA-DNA体外分子杂交结果表明:菌株92101、92103、92109、94102和91066与菌株WH114s-1的DNA-DNA同源性分别为86%、83%、72%、95%和94%,因此,以上6株菌应属于同一种;菌株94009和菌株92041的DNA-DNA同源性为75%,应属于同一种;而菌株90012和菌株94009的DNA-DNA同源性仅为15%,并且菌株90012和菌株92006的DNA-DNA同源性达80%,因此,菌株94009与菌株90012应属于不同种,而菌株90012与菌株92006应属于同一种。要最终确定以上供试菌株所应归属的种,或者要鉴定以上供试菌株是否属于新种,还需将之与相应种的标准菌株进行杂交。测定的12株粘细菌的DNA G+C摩尔百分比含量大多在68-72%之间,基本与其相应菌属一致。对8株粘细菌进行了生理生化特性研究,其结果表明,在粘细菌的分类鉴定中,生理生化特性具有一定的参考价值。从河北省微生物多样性研究与应用实验室菌种库中随机选取了160株由VY/2斜面保藏的粘细菌菌株进行活化,并通过对这些菌株活化效果的分析,考察了此种保藏方法的适宜保藏时间。结果表明,以VY/2斜面保藏的绝大多数菌种,最适宜的保藏时间在一年左右。
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