新农合制度自2003年开展以来通过扩大试点、制度创新、完善运行机制等相关措施,使得制度得以实现在基层卫生体系的推广,实现在农村地区全覆盖。然而随着新农合制度的成功,与此相伴随的问题也开始显现,其中医疗费用不合理增长问题因为与农民生活息息相关而备受关注。因此政府经办机构通过制定相关政策对于抑制农民医药费用不合理增长起着至关重要的作用。针对医药费用过度上涨的问题,与费用相关的支付方式改革效果最为突出。支付方式改革就是合疗政府经办机构通过支付方式对医疗基金的流量和流向进行控制,最终实现对医疗费用的合理控制。其中具有代表性的是陕西镇安县实施的单病种定额付费制。陕西镇安县率先进行支付方式改革,自2003年开始实施单病种定额付费制度,医疗服务质量得到了显著提高、医疗费用得到有效抑制,为深化卫生体制改革、完善新型农村合作医疗制度、实现参与主体利益均衡提供了有效的解决途径。通过实施单病种定额付费制度,保证广大农民权益,努力实现合理控制医疗费用和提高医疗机构服务效率的双赢局面,明确参合农民、定点卫生医疗机构和政府经办机构三方行为主体责任,并对其进行激励与约束,保证制度的持续性、健康性、有效性。本文研究共五部分。首先对论文的研究背景、研究意义、研究方法和思路进行梳理,对国内外针对单病种定额付费制度的研究进行梳理；第二部分介绍本文研究中需要的各项基本概念,分别对利益均衡理论、委托——代理理论、单病种定额付费制度、预付制和后付制进行介绍。第三部分运用上一部分的研究方法和基础概念,分别从新农合制度下三方利益分析、各种支付方式下三方利益分析及单病种定额付费制度下三方利益分析这三个方面进行研究,最终得出单病种定额付费制度下三方利益最易达到平衡。第四部分结合样本县陕西镇安县实施的单病种定额付费情况,通过对制度实施效果的分析、评估,在实践上寻求对理论的支持,并结合实际寻找制度中的不足,不断完善制度,寻求三方参与主体在利益上的均衡点,进一步推动支付方式改革。第五部分是针对上述研究,提出需要完善单病种定额付费制度的建议。