近些年,国家逐年加大科研项目投入力度,但科研经费的使用效益低下,科研的产出成果往往难以尽如人意,多数研究者提出我国高校科研项目经费管理存在多种问题,科研经费使用“丑闻”频频见诸报端,将科研经费管理改革推向高潮。而科研项目预算是科研项目经费管理的基础,是项目经费实施过程中资源整合的重要依据,因此进行预算管理相关的研究,提高科研经费的使用效益是一项意义深远的研究。本文以成本价格理论、完全成本理论和人力资本理论为理论依据,根据科研项目成本不可控性和不确定性、成本数据取得难度大的特性以及科研项目直接成本、间接成本的具体要素,提出科研项目应进行全成本预算,应重视高校科研项目中教师教学、科研双肩挑的科研劳动,应坚持将本由科研项目承担的高校间接成本通过其间接成本率方式在预算中体现的观点;以文献阅读法进行分析总结,剖析了我国555个高校现行的对纵向科研成本预算标准的确定方式,引出我国高校科研成本预算编制存在缺乏统一的成本预算标准制度,缺乏合理的科研成本预算依据,预算中“物”重人“轻”倾向严重等问题;剖析科研项目成本受科研项目工作量大小,实施时间的长短、科研项目隶属级别、科研项目科目类别、科研项目总规模大小等多重属性的影响;以规范研究和案例研究相结合的方法阐述了科研项目成本预算标准的确立过程。对科研项目间接成本预算,本文借鉴了美国科研项目间接成本率法,并根据我国现阶段科研劳务费中不包含在编教师科研劳动成本的实际情况进行了公式修正,同时深入探讨了高校科研间接成本率标准的取得过程,科研的间接成本率是科研间接成本与修正的科研直接成本两者的百分比,而取得高校科研间接成本基本思路是:首先确立高校管理、固定资产折旧、业务辅助三类间接成本,其次通过分析选择修正的直接成本、占地面积、折算的师生当量成本动因并计算科研的成本动因率,再按照成本动因率将应由科研项目分担的总间接成本分摊,同时重点指出折算的师生当量由在校学生当量、专职教师当量、科研人员全时当量进行确立的方法。文章最终从政府和高校两个层面阐述科研成本预算标准实行的保障措施。依据一定的标准对科研项目进行预算,体现了科研成本预算的严谨性、全面性,使科研项目成本预算有据可循,有利于科研预算执行的监督控制和科研项目成本预算、核算的衔接。