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水稻是世界上最主要的粮食作物之一。亚洲栽培稻是栽培面积最大的水稻，它包括粳稻和籼稻两个亚种。在中国、印度和亚洲其他大多数地区，籼稻是分布最广的水稻栽培品种。在之前的公共数据库中，水稻基因组和表达序列信息主要由粳稻和籼稻的基因组序列以及粳稻的表达序列(全长cDNA序列和ESTs序列)和籼稻的ESTs序列组成。籼稻的全长cDNA序列信息柑对匮乏，而野生稻的表达序列信息更是很少。因此，开展籼稻及野生稻大规模表达序列的测序和分析非常必要，cDNA克隆提供了重要的克隆资源，cDNA序列为籼、粳稻亚种之间的比较分析及栽培稻与野生稻之间的比较研究提供重要信息。另一方面，开展基因家族在各物种之间的比较研究工作也是功能基因组学研究中的一个有效手段。通过构建系统进化树等生物信息学分析，有助于观察特定基因家族的结构特征，并推测其可能的功能。
本论文主要由两部分研究内容组成。第一部分报告了开展不同水稻品种cDNA序列的克隆、测序、比较分析和数据库构建。包括完成了水稻籼稻广陆矮4号10，096条全长cDNA序列的分析：水稻普通野生稻W1943共1，888条全长cDNA序列的比较分析；籼稻表达序列数据库的构建。第二部分报告了开展基因组水平的水稻转录因子trihelix基因家族的比较研究以及在动、植物trihelix基因家族中的比较分析。
其中水稻籼稻广陆矮4号全长cDNA序列的研究工作发表在2007年PlantMolecularBiology(65:403-415)；普通野生稻W1943全长cDNA序列的研究工作发表在2008年DNAResearch(15：285-295)；相关表达序列数据库的构建工作发表在2008年BMCPlantBiology(8:118)。