随着市场经济的高速发展，人才成为衡量各国综合实力的重要标志。作为培育优质人才的基地，高校在社会经济体系中的作用日益凸显。高校机关职能部门作为高校的重要组成部分,其管理水平和运行效率会对高校教学、科研及人才培养质量产生重要影响，开展高校机关职能部门的绩效管理研究不仅必要而且意义重大。同时，在总结国内外学者的研究成果的基础上我们可以发现，目前高校机关职能部门的绩效管理还属于高校管理的薄弱环节，部分高校没有建立专门的职能部门绩效管理制度，部分建立的高校也存在盲目照搬照抄企业管理制度和方法的现象，且存在如下问题：绩效考核标准的科学性不足；考核指标的量化程度低，差异性不明显；绩效沟通和反馈不足；绩效考核结果使用不当等。本文主要采用比较研究法和多学科知识分析法，择取高校机关职能部门绩效管理差异性为主要研究内容，首先简要介绍高校机关职能部门绩效管理的内涵和作用，阐述新公共管理理论、公共人事管理理论、利益相关者理论等和介绍主要的绩效管理方法,为论文的阐述提供理论依据和方法论指导。其次，梳理高校机关职能部门自身的工作特点，从绩效管理目标、价值取向、考核重点等不同维度系统分析高校职能部门绩效管理与企业、政府绩效管理之间差异的具体表现。最后，在分析高校职能部门绩效管理存在的主要问题基础上，基于差异性分析提出高校机关职能部门绩效管理改进的具体对策。本文的创新点主要在于阐述和分析了高校机关职能部门和企业、政府绩效管理差异性的具体表现和成因；同时，在建立基于平衡计分卡理论的企业和政府共性绩效考评指标体系的基础上，通过对其指标的科学删减和增加，构建起适用于高校机关职能部门的绩效考评指标体系。