新型农村合作医疗制度实行已有十余年了，资金筹集一直是其运行的基础和前提，发达地区和欠发达地区从最初的在同一起跑线上到十年后已经拉开很大一段距离是目前亟待解决的问题。本文的研究目的就是解决或缓解欠发达地区新农合筹资难的问题。以发达地区的江阴市和欠发达地区的杭锦旗为研究对象，通过与农民的访谈、发放问卷调查、收集资料等方式进行研究，找出这两个地区在新农合筹资机制方面存在的差异性因素，如地区经济发展因素、基层医疗服务水平因素、政策因素、社会文化思想因素及个体因素，这些因素都分别影响着这两个地区筹资机制中的筹资主体、筹资原则、筹资水平、筹资方式、筹资渠道等。通过对发达地区新农合筹资机制的研究，得出建立多元化的筹资渠道、建立个性化多层次的筹资标准、建立多元化的个人筹资方式、筹资机制制度化、建立正确完善的筹资引导机制来解决欠发达地区新农合筹资难的问题，对欠发达地区新农合筹资模式的完善有很大的启示。