高等院校作为我国事业单位之一，其主要资金来源于国家的财政拨款。随着国家对高等院校的财政拨款逐年增加，我国高校的资产规模不断扩大。然而高校长期受计划经济的影响，内部控制制度建设尚未完善，内部控制管理很多方面不到位。尤其是近几年高校经济业务范围不断扩大，在招收新生、毕业生就业、资产采购、基础建设等领域很多高校都发生了问题，严重地危害了高校国有资产的安全，严重地影响了高校的信誉度，甚至严重地制约了高校的发展建设。因此高校应当采取积极的措施完善高校内部控制制度，将内部控制管理贯穿于高校经济活动的始终。本文以高等院校内部控制为切入点，基于对内部控制发展历程的回顾，以COSO内部控制新框架和财政部出台的《行政事业内部控制准则》为理论基础。从内部控制五要素以及原则和属性对高校内部控制整体状况进行分析；并通过货币资金管理和固定资产管理两个具体业务方面指出高校在这两方面存在的问题、分析原因、并给予合理的建议。本文并以甲高校为例，通过大量搜集和参考高校内部控制研究文献资料，对其的内部控制进行研究，指出甲高校内部控制五要素存在的问题以及货币资金管理和固定资产管理存在的问题，并给予相应的建议。在此基础上，希望为高校加强和完善内部控制提供参考意见。