一直以来，海事行政审判权的行使主体问题无论在我国法学理论界还是在司法实践中都存在争议，没有一个明确而固定的答案。 自建国至今，我国的海事行政审判权行使主体已先后经历了数度变迁，在地方人民法院和早期的水上运输法院或现今的海事法院之间交替变换。海事行政审判权行使主体的变化反映了不同时期我国海事行政审判的实践需要。目前，依据最高人民法院办公厅于2003年8月下发的有关通知的规定，我国的海事行政审判权由地方人民法院行使，而本文的观点是，海事行政审判权由海事法院行使为宜。 本文从剖析海事行政案件的特点入手，首先阐明海事行政案件在涉案行为、审理依据以及原被告双方等方面均具有的专业性特征决定了海事行政案件适宜由海事法院来审理，其次通过论述由海事法院审理相对人不服海上或内河行政管理机关的行政复议结果而提起行政诉讼的案件能保证海事行政纠纷得到高效、妥善的解决，进一步证明本文所持有的观点。 在对海事行政案件的特点加以分析后，本文进而从立法学和法理学的角度分别就赋予和取消海事法院海事行政审判权的两个文件进行了效力分析，得出赋予海事法院海事行政审判权于法有据而取消海事法院的海事行政审判权于法无据的结论。 结束了理论层面的探讨后，本文又立足于海事行政审判实践的角度，先选取了若干个海事法院成功审理的典型海事行政案件进行逐一分析，以此说明：审理海事行政案件往往要求审判人员既具备海上或内河行政管理的实务知识，同时还要有扎实全面的法律功底，这两方面的共同要求呼吁海事行政审判权由作为专门人民法院的海事法院来行使为宜；接着，本文综合考量了有关海事行政审判权归属的法律规定，旨在表明海事法院行使海事行政审判权以相关部门法之间既已协调统一的规定为依托，从而在案例和制度设置两个方面，借助大量的实践来论证：在海事法院行使海事行政审判权期间，事实证明，海事法院审理海事行政案件更有利于对海上或内河行政管理机关具体行政行为的全面审查，更有利于以切合实际、及时有效的方式解决行政主体同行政相对人之间的纠纷，也更有利于维护行政相对人的合法权益并保障行政主管机关依法行政。 最后，本文以列举和逐项阐述的方式，分别从海事法院行使海事行政审判权得到了国家权力机关的特别授权、具有法律依据、可以通过司法解释的适用规则使权力归属得以明确、同《中华人民共和国行政诉讼法》关于级别管辖和地域管辖的立法精神相一致、便于当事人诉讼和法院审理案件以及可以更彻底地解决有关专业技术问题等七个方面提出了海事法院行使海事行政审判权的合法性和合理性，进而得出“海事行政审判权由海事法院行使为宜”的结论。