研究目的：本文将国内外相关研究理论、实践经验和重庆市实际情况相结合，通过对重庆市基本药物制度实施过程中与基本医疗保险衔接情况的调查，摸清现状，找出问题，探索适合重庆市的基本药物制度与基本医疗保险衔接方式，进一步巩固和完善基本药物制度，最大程度发挥两种制度的衔接优势，以加强对药品费用的有效控制，提高药品的可及性、可负担性，促进合理用药，减轻群众医疗负担，更好的满足群众基本医疗卫生需求，同时有助于新医改目标的尽早实现。研究方法：本文的文字资料主要来源有三种：一是在数据库进行相关文献收集和筛选，二是登陆各种官方网站收集相关政策和报道，三是专家咨询的访谈记录。本文的数字资料主要来源于问卷调查和卫生统计年鉴。本文采用的研究方法主要有文献分析、专家咨询、问卷调查和描述性统计分析。通过文献分析了解相关理论和国内外研究现状。通过专家咨询了解重庆市基本药物制度实施进程、基本药物制度实施中与基本医疗保险的衔接情况及专家的看法和建议。通过问卷调查深入了解重庆市基本药物制度运行现状及其实施过程中与基本医疗保险衔接的客观情况，找出存在的问题。研究结果和结论：我国的基本药物制度没有筹资机制，其运行资金主要来源于国家补助和基本医疗保险基金支持，基本药物制度在稳步推进中和基本医疗保险的有效衔接显得尤为重要。课题组通过问卷调查对重庆市基层医疗机构基本药物制度运行现状进行了客观分析，结果表明基本药物制度的实施对控制药品费用不合理增长有一定积极作用。基本药物制度实施后，基层医疗机构药品收入占门诊、住院收入的比例有一定程度的降低，大部分基层医疗机构患者次均门诊、住院药品费用呈下降趋势，患者次均门诊、住院药品费用占门诊、住院费用的比例也有明显下降。基本药物制度的实施也带来了一些消极影响，如基层医疗机构药品短缺问题严重，患者向县级以上医院返流等。重庆市基本药物制度和基本医疗保险的衔接主要集中在基本药物报销和采购环节，如将基本药物纳入医保药品目录，按甲类药品相关规定报销，对基本药物采购费用实行医保预付制，但在具体实施过程中，基本药物报销政策未完全落实，实行总额预付的医疗机构占医保定点医疗机构的比例低，部分区县未执行总额预付制。目前重庆市基本药物制度实施中与基本医疗保险衔接存在的问题主要表现在：一是基本药物难以满足临床用药需求，二是基本药物遴选方法不完善，三是基本药物报销政策执行困难，四是医疗保险资金使用监督难度大，五是医保部门对基本药物制度关键环节缺乏干预。导致基本药物制度在实施中与基本医疗保险衔接存在问题的原因主要有基本药物制度发展处于初级阶段、药品数量及服务群体差异、基本药物报销政策可行性欠缺、医保部门在基本药物制度实施中定位不明确和卫生部门与医保部门协作不充分等。针对以上问题，文章对重庆市基本药物制度实施中与基本医疗保险的衔接方式提出了如下几点建议：一是适当增加基层适用药物，二是完善基本药物遴选方法，三是制定切实可行的基本药物报销政策，四是发挥医保部门在基本药物制度实施中的主观能动性，五是加强医保部门和卫生部门沟通协作。