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本文采用电感耦合等离子光谱法对大连沿海13个菲律宾蛤仔种群个体中的8种重金属残留量进行了测定分析；用RAPD方法对10个不同地理种群的菲律宾蛤仔的遗传多样性进行了研究。结果表明：1.计算重金属的残留指数，认为把IPB作为评价海域污染程度参考性指标是合理的。以IPb作为参考性指标来反映不同海域的污染程度:大长山，小孤山，大口井，盐场，杏树屯，小平岛，石灰窑，营城子，哈仙岛和广鹿岛为清洁；大魏家和后山洋为尚清洁；大连湾为轻污染。2.菲律宾蛤仔具备对海水水质进行监测的条件，具有潜在的环境价值。3.用SPSS软件计算的重金属污染与遗传多样性的相关系数显示，两者无显著性相关。4.用12个10bp的寡核苷酸引物，对10个种群的100个个体进行PCR反应，共获得104个位点，其中多态位点96个，单态位点只有8个。大口井的多态位点百分率最低，为58.65%；石灰窑和营城子的最高，为71.15%， 以多态位点百分率排序为：营城子=石灰窑>杏树屯>盐场>广鹿岛=大长山>哈仙岛>后山洋>拉树房>大口井。5.根据Shannon指数计算的菲律宾蛤仔遗传多样性分布规律为：营城子>杏树屯>石灰窑>盐场>广鹿岛>拉树房>大口井>后山洋>哈仙岛>大长山，种群间遗传多样性所占比率为32.52%；由Nei遗传分化指数估算的菲律宾蛤仔不同种群的基因多样性大小顺序为：营城子>杏树屯>盐场>石灰窑>广鹿岛>拉树房>大口井>后山洋>哈仙岛>大长山，有34.18%的遗传变异存在于种群之间。6.遗传距离分析显示的结果表明菲律宾蛤仔各种群间遗传距离在0.0746-0.1732之间，符合Thorpe 提出的0.03-0.2的同种种群间遗传距离的范围。