创新是我国五大发展理念的重要内容。当前,随着我国对外开放的提质增效,提高本国的创新能力,构建本国自主创新体系,必须合理布局创新资源,而合理布局的前提就是认清创新差异时空格局。总体而言,中国的技术创新由之前的跟跑状态,已经在更多领域取得了并跑,领先水平。但是我国区域之间的创新发展还有很大的差距,由于内部技术发展路径和外部创新环境的强力制约,区域创新在空间上会持续异质性。在上述情形下,试图减小我国各区域经济发展的差距,形成科学系统的空间战略布局,学界必须对区域创新差异问题加以关注。国内外学者对区域经济失衡因素进行了大量研究,为区域创新差异研究夯实了理论基础。本论文在区域创新差异的研究中,模仿区域经济差异研究,开拓性运用了区域创新差异Theil指数分解法,从不同空间尺度衡量区域创新发展的相对差异,并借鉴新经济地理学的空间报酬递增理论,试图发现创新活动在空间上的集聚互动联系,认识到知识外溢等新经济地理因素对区域创新活动的空间分布的贡献作用。本论文首先对当前我国区域创新发展的相关研究理论进行梳理的基础上对目前国内外区域差异和区域创新差异方面的研究进行总结和评述,并对我国目前的区域创新现状分别从创新投入、创新产出、创新主体三个方面进行分析,为后文实证分析我国区域创新差异做了铺垫。在此基础上通过收集2000年至2013年的全国地级专利面板数据,利用锡尔系数分解法和空间分析法,分别找出我国各空间单元对我国总区域创新差异的贡献度,其中,省内差异>经济区际差异>省际差异,这说明,空间单元越小,对区域创新差异的贡献度越大。区域内的省内差异并不是影响一个区域创新能力的主要原因。我国的创新产出(专利产出)存在明显的地理集中现象,地区间差异明显,东部沿海地区创新产出水平较高,而中西部地区创新产出能力较弱,各省市的创新产出存在空间上集群和溢出特征。最后在以上结论的基础上,找出我国区域创新差异的原因并提出适宜我国创新均衡发展的政策建议。