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禽流感病毒（Avian Influenza Virues，AIV）的爆发和流行给人类和家禽业都带来了巨大危害，人们发现鸡和鸭对于相同的禽流感病毒具有不同的致病性，大量的研究多集中在流感病毒的进化、宿主适应性和疫苗研制上，使该病的防治未能达到很好的效果。本研究从宿主角度出发，研究两种家禽针对禽流感产生的特异性抗体的轻链可变区，了解正常状态下和感染状态下鸡和鸭分别产生的特异抗体谱，寻找特异抗体的结构重组趋势，为该病的防治及家禽的抗体研究奠定基础。本研究利用5’ RACE技术扩增了非感染鸡和AIV感染鸡的免疫球蛋白轻链可变区(IgLV)的全长基因，分别获得了85条和73条IgLV序列。两组序列均来自同一个基因家族，序列之间的同源性大于80%。家禽的IgLV的重组主要依赖于基因转换机制。通过统计胚系(VL germLine)和25条假基因以及获得的序列之间的比对结果，发现非感染鸡和AIV感染鸡具有以下假基因的使用特征：非感染组和AIV感染组使用最多的都是psi-v5。其次，非感染组使用较多的为psi-v4和psi-v8，AIV感染组使用的较多的为psi-v14和psi-v10。非感染组没有使用的假基因是psi-v19，AIV感染组没有使用的是psi-v9和psi-v24，说明psi-v19的使用有可能是AIV特异性抗体的序列特征。氨基酸序列的比对中发现非感染组CDR1区有序列的插入，AIV感染组的氨基酸长度却比较保守；CDR2区的差异不明显；CDR3前半部分两组差别不大，从8-11位置上的AIV感染组中各组分氨基酸缺失的序列占大多数，而非感染组有多种氨基酸在此位置低水平平均分布。非感染组的CDR3氨基酸长度范围在8-14个之间，AIV组在1-15之间分布。依据序列偏好性预测AIV感染后可能的蛋白三级结构。利用同样的方法获得的47个非感染鸭和32个AIV感染鸭IgLV的全长基因。序列的同源性>70%，两组序列具有不同的使用偏好，非感染组偏好使用第10区序列，AIV感染组偏好使用第2区序列，推测2区序列是AIV感染状态下特异抗体的序列特征。分析鸭基因组序列获得了21个假基因序列，为鸭IgLV假基因的研究填补了空白。分析了AIV感染鸭和非感染鸭氨基酸的结构差异，氨基酸组成的保守性上比较，感染组在特定位点上更为保守：在CDR2中3Y，CDR3中的8Y、9V、10G、12V。在特异性上，感染组在特定位点有特殊氨基酸的组成，不同于非感染组，如CDR1中12N，CDR2中2N、4T，CDR3中4E、5G。CDR3的长度方面：AIV感染鸭在该区上只有10、11两种长度的氨基酸。非感染组氨基酸长度范围在6-12之间，AIV组在10-11之间分布。并且分布最多的均为10个氨基酸残基，最短的6个和最长的12个均出现在非感染组的序列中。并预测了感染和非感染情况下IgLV蛋白的三级结构。推测感染组该氨基酸是特异性抗体的组成成分。根据预测的蛋白的氨基酸序列，研究发现感染后的疏水性氨基酸减少，以亲水性氨基酸为主要组成成分；酪氨酸（Y），丝氨酸（S），甘氨酸（G），等氨基酸的增多有益于抗体亲和力的成熟，是病毒感染后特异性抗体氨基酸组成的特征。