长久以来包括栖息地丧失、气候变化、外来物种的生物入侵和过度开发等在内的环境变化速度和规模急速增加，导致全球生物多样性保护和生态系统平衡受到严重影响。野生动物的灭绝速率大约增至历史上的100～1000倍，并且高达50％的具有较高分类地位的物种受到威胁。近些年来，随着新现传染病的频发，传染病成为继上述因素外，严重威胁生物多样性和生态系统稳定的又一重要因素。但是在新现传染病出现和再现的多重耐药性传染病的诊治上，很多包括抗生素和免疫因子疗法等传统临床诊治方法都不再有效。　　正常状态下，肠道菌群保持动态平衡并且与宿主相互影响，肠道菌群参与宿主的代谢营养及肠道防御等生理功能，对于维持肠道微环境的稳态有重要意义。宿主自身和宿主肠道菌群通过菌群共生和共生到致病的过程深刻影响宿主健康、营养、生理状况和免疫系统。越来越多的研究证明宿主肠道菌群对机体远端系统（肺脏、肝脏、神经和大脑等部位）的病原防护，起到至关重要的作用。由于病原感染或者抗生素使用等造成的肠道菌群的变化会进一步加速机体系统性感染进程。从宿主肠道菌群角度，发现与疾病进程相关的肠道指示细菌菌种、调节宿主肠道菌群的结构和组成，基于靶向调控共生菌群的基础疗法为我们提供了很多新的思路。　　本研究首次通过16S rRNA高通量测序的方法，对2014年底到2015年初陕西楼观台大熊猫繁育中心犬瘟热病毒(CDV)感染大熊猫的肠道菌群多样性特征进行揭示，通过对比CDV感染个体和健康个体肠道菌群特征，我们发现CDV感染会严重扰乱大熊猫的肠道菌群。主要表现为大肠杆菌和梭杆菌数量显著减少，菌群丰富度指数显著增加。同时CDV感染组肠道菌群异质性增大，表现为高度不稳定性差异;CDV感染组和健康对照组，组间具有统计学差异的菌群生物标识主要是，厚壁菌门的相对丰度在CDV感染组中更高，而变形菌门在对照组中的相对丰度更高;隐秘杆菌、棒状杆菌、普雷沃氏菌和Peptoniphilus等条件致病菌会随着感染进程而发生丰富度的增多。这可能是由于CDV感染导致的肠道炎症和全身系统炎症增加共同导致的。这些结果可能为靶向微生物群的治疗提供新的见解。同时进一步强调了研究大熊猫种群中传染病分布情况的必要性。　　综上所述，CDV感染过程中大熊猫的肠道菌群结构会发生显著变化，发现疾病相关的菌群标记物、挖掘其中可能对机体免疫系统进行调控的代谢物，能够为靶向肠道菌群进行疾病预防和治疗奠定基础。