兔子在进化上与人和小鼠都非常近，它们都属于灵长总目，而兔子是兔形目中的典型代表。通过对兔子精子发生过程中小RNA的研究，有利于找出兔子与人类的异同点，为以后的将兔子作为生殖方面的疾病模型做基础。现在关于兔子精子发生过程中小RNA的表达情况还不清楚，本研究通过对兔子不同发育时期的睾丸中的小RNA进行研究，增加对兔子精子发生过程小RNA表达情况的认识。在精子发生过程中，microRNA（miRNA）和piwi-interactingRNA（piRNA）的调控作用对精子发生具有很大的影响。首先通过生物信息学方法对兔子精子发生过程中的小RNA进行了注释，预测了707个新miRNA以及大量的piRNA簇，在这些miRNA和piRNA簇中，有很多是保守的。然后对兔子精子发生过程的小RNA的表达特征进行了分析，我们的研究发现，在兔子的精子发生过程中，具有两类高表达的小RNA，分别是miRNA和piRNA。这两类小RNA在兔子精子发生过程中有一个动态的表达过程。在兔子精子发生过程中，1天~90天主要表达的是miRNA，100天~180天主要表达的是piRNA。发现兔子精子发生过程中来源X染色体的miRNA符合MSCI（Meiotic Sex Chromosome Inactivation）现象，这一点跟小鼠非常相似。而且X染色体来源的miRNA有两个非常保守的miRNA簇，对其功能进行了分析，发现其可能与精子形态有关。piRNA序列在10天~90天有明显的1A10U的偏向性，而在100天~180天有强烈的1U偏向性。将piRNA序列比对到兔子基因组发现，10天~90天的piRNA大部分（80%以上）有多个比对位点，100天~180天的piRNA大部分(约75%)只有一个比对位点。对piRNA在基因组上的注释分析表明piRNA在10~90天主要来源于重复区域和基因间区，100~180天的piRNA主要来源于基因间区。来源于重复区域的piRNA在10天~100天L1为主，在110天~180天以L1（Long Interspersed Nuclear Elements1）和ERV2（Endogenous Viral Element2）为主。发现来源L1和ERV的piRNA有非常明显的乒乓信号，这表明兔子中的piRNA也有乒乓循环现象。L1与ERV中的piRNA偏负义链，说明这部分piRNA具有沉默L1和ERV的作用。LTR（Long Terminal Repeat）与SINE（Short Interspersed Repeated Sequence）主要偏正链，LTR在前粗线期与粗线期过渡时，会有链方向的转换。来源基因的piRNA在主要分布在3’UTR（Untranslated region）和CDS（Coding sequence）上，而在10天~100天，3’UTR偏多，110天~180天CDS偏多。另外，还对piRNA簇进行了保守性分析，发现有一部分兔子精子发生过程中的piRNA簇与人和小鼠中的piRNA簇都存在保守性。
　　本研究主要对兔子精子发生过程中小RNA的进行了注释，并分析了miRNA和piRNA的表达变化及特征，为人类从小RNA水平了解兔子的精子发生过程打下基础。