随着时代的进步,人们对创新活动及其对社会经济发展影响的理解逐渐深入,科技创新成为推动经济增长、增强国家竞争力、提高人民生活水平的核心动力。而实践经验告诉我们,一项科技成果从无到有,再到得到实际应用,最终被大众接受、被市场认可,是一个相对漫长的过程,其中任何一个环节出现问题,都会使整个创新过程停滞,甚至归于终结,而相应的资金支持是科技创新这一相对漫长的过程中必不可少的保障。本文以科技创新资金的配置效率作为研究对象,从理论层面上将科技创新活动的动态演进过程解构为技术研发、成果转化和市场推广三个阶段;将科技创新资金按属性特质细分为政府资金、直接融资资金、间接融资资金,最后以科技创新资金的结构性来源为切入点,研究在资金配置效率不同的地区中,各类资金结构贡献因子的差异化特点。即除了传统的不同融资结构对同一地区有着差异化贡献外,同样的融资结构在高、低效率地区也有着差异化效率贡献。本文通过收集整理2001至2013年我国27个省(直辖市、自治区)的科技创新活动投入产出数据,结合数据包络分析方法、面板回归模型、综合分析方法的实证结果阐释资金投入结构对资金配置效率产生的差异化影响。为保证实证的完整性,本文采用稳健性样本进行了检验,结果与原样本一致。最后,本文针对实证结果一一对应地提出了政策建议。第一,高效地区对周围地区的虹吸效应显著,高效地区应发挥辐射作用,带动周围地区协同发展。第二,从高、低效率地区对比来看,政府资金先导作用明显,间接融资资金对高效地区及其青睐,而对低效地区贡献极低,本文认为各类资金应优势互补,并提出了一个低效地区向高效地区转化的路径。第三,直接融资资金在高、低效率地区的贡献率均不高,本文认为可以试点投贷联动方式,既利用了间接融资市场的庞大体量,又对直接融资市场现存的种种风险进行了规避。