细菌CYP450数据库构建与进化分析

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在细菌的漫漫进化过程中,细菌细胞色素P450发挥了极其重要的作用,为细菌物质代谢以适应环境提供了保障。随着工业的蓬勃发展,人类既需要寻找合适、高效的途径合成各类化合物,同时大量有毒化学物质、人工合成化学品被释放到环境中。而细菌具有的生物转化、催化分解化合物的强大能力,让我们看到了研究细菌CYP450的巨大价值。我们从蛋白质数据丰富的UniProt数据库中收集了关于细菌CYP450的数据集合,然后利用perl程序逐步整理其各类重要数据:名称、分类、文献来源、序列数据、辅助参考数据库;指纹图谱,包括结构域、功能位点、成核位点和终止位点等;注释信息,包括生物过程、细胞成分和分子功能等数据。在这些数据的基础上,我们尝试基于新浪云计算平台,建立一个可供依据P450类别和菌种进行查询细菌CYP450相关重要数据的网站,为研究人员数据的查阅提供便利。另外,我们对目前研究较深入的模式型细菌CYP450——CYP101(P450cam)、CYP102(P450BM3)、CYP107(P450eryF)、CYP108(P450terp),进行了进化树构建与结构功能的对比分析。通过超二级结构图、PyMOL的三维结构图以及CCD数据库比对,我们充分了解了P450BM3与其它三个P450蛋白P450cam、P450eryF、P450terp在结构上的不同,以及对应带来的功能上的差异。
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