2020年新型冠状肺炎疫情的爆发,使得在司法实践中妨害传染病防治罪被全面激活,该罪成为本次疫情类犯罪中最主要适用的罪名。针对此次疫情中凸显出本罪存在的问题,例如,该罪的传染病等级限定较为苛刻,以及行为模式不够全面等。《刑法修正案（十一）》对本罪进行了较大幅度的修改,结合在新冠防疫过程中两高两部发布了相关解释性的规范性文件,发布指导案例及“非典”疫情,“甲流”疫情时期出台的相关解释性文件,为该罪在法律规范适用中提供了全新的视角。在此基础上惩戒了大量的妨害传染病防治行为,一定程度上降低了疫情防控阻力,同时也出现了新的问题。例如,本罪新增行为模式关键概念的解释,本罪与以危险方法危害公共安全犯罪适用等问题。为了客观反映存在的问题,本文列举疫情期间,七例指导案例和五份法律文书进行分析,以本罪司法实践适用情况结合文献资料为基础。笔者通过对规范妨害传染病防治行为法律规范的纵览,对本罪内容进行全面的梳理和认识,辨析相似犯罪,提出本罪适用存在的问题及完善建议,使得该罪在司法实践中宽严相济的合理适用。本文除引言结语外,主要包括以下四个部分:第一部分,对规范妨害传染病防治行为法律规范的纵览,分析《刑法修正案（十一）》关于本罪修改的内容,重点分析该罪对传染病等级的要求和新增的行为模式;对相关规范性文件和典型案例的评述及对比域外关于本罪的相关规定。对于本罪适用的法律法规依据内容的更新进行全面梳理的同时引出新视角下带来的新问题。第二部分,以刑法构成要件理论为方法,对本罪进行特征分析。重点讨论本罪客体的独立性,强调公共卫生安全的重要性;主观状态上要以推定过失为原则;分析五种行为模式及相应需要注意的概念解释;重点论述新增行为模式的特殊性和兜底性。为后文论述提供理论基础。第三部分,以裁判文书分析为基础,辨析该罪与相似犯罪尤其是以危险方法危害公共安全罪的关系。分析在司法实践中,侦查机关以危险方法危害公共安全罪进行刑事立案,审判机关最终以妨害传染病防治罪定罪处罚,这一共性司法实践特点存在的原因。提出二罪在实践中辨析判断的具体标准,尤其是在判断确诊患者和疑似患者时判断标准溯及力的问题。第四部分,提出对于该罪完善的合理建议。首先,基于空白罪状理论对本罪前置法律规范尤其是《传染病防治法》的修改建议,来配合适用本罪新的内容。其次,对于相关司法解释性文件提出完善建议,针对“非典”时期的司法解释建议直接废止,对于“新冠”时期出台的司法解释性文件建议进行泛化升级,使得该内容不再局限于只调整具体“新冠”疫情而是普遍适用;最后,在“从严从快从重”疫情防控刑事政策导下,站在宽严相济的立场上,提出对于该罪在司法认定上具体标准的建议。