党的十七大报告指出：“提高开放质量,完善内外联动、互利共赢、安全高效的开放型经济体系,形成经济全球化条件下参与国际经济合作和竞争新优势”。新疆地处欧亚腹地,是我国向西开放的重要门户,不仅同上海合作组织成员国中的俄罗斯、哈萨克斯坦、吉尔吉斯斯坦和塔吉克斯坦毗邻,而且新疆与上海合作组织各成员国之间具有独特的资源互补性和贸易互补性。通过对新疆主体功能区划分,建立起科学合理的发展规划,不仅提高新疆的开放质量,实现安全高效的开放型经济体系,而且进一步推进新疆与上海合作组织各成员国经贸合作,提高新疆的区域竞争力,促进新疆经济又快又好的发展。本文采用定性研究与定量研究相结合的研究方法,运用空间结构理论、可持续发展理论、地域分异理论和生态经济等理论,对新疆在上海合作组织框架下主体功能区的划分进行研究。首先,阐述主体功能区的基本概念和相关理论基础；其次,分析新疆与上海合作组织国家的经济发展状况,新疆各县市发展状况,以及对新疆与各成员国经济互补性进行分析；再次,探讨新疆主体功能区划分的基本原则,构建上海合作组织框架下新疆主体功能区划分的指标体系,运用层次分析法和主成份分析法来确定指标体系的权重,确定上海合作组织框架下新疆主体功能区划分方法——状态空间法和主成份分析法；第四,用状态分析法对新疆主体功能区进行划分和用主成分分析法、聚类分析法对新疆主体功能区进行划分,并提出上海合作组织框架下新疆主体功能区类型确定的原则,提出上海合作组织框架下新疆主体功能区的具体划分方案,即将新疆划分为Ⅰ类重点开发区、Ⅱ类重点开发区、Ⅰ类限制开发区、Ⅱ类限制开发区、禁止开发区五个主体功能区；第五,针对新疆不同的主体功能区提出不同的科学发展策略。