炭疽叶枯病（Glomerellaleafspot，GLS）是近年来我国苹果上新发现的一种叶部病害，导致苹果早期大量落叶和果实严重病斑，给苹果生产造成重大威胁。尽管炭疽叶枯是新发现的一种病害，目前已蔓延至各苹果产区。炭疽叶枯菌遗传多样性研究可以了解病原菌的群体结构、遗传多样性、病原菌适应机制、病害的发展趋势，为炭疽叶枯病的综合治理提供理论依据。　　利用10条ISSR引物对山东、陕西、江苏、河南的135株菌株炭疽叶枯菌株进行遗传多样性分析，10条引物共扩增出95个位点的多态性条带，多态率是95.96%。STRUCTURE分析结果表明，采自五个不同地区的炭疽叶枯菌在遗传上划分为五个不同的组群。通过对五个地理组群的遗传结构分析发现，山东寺口组群（H=0.2534，I=0.3752）和江苏丰县组群（H=0.2072，I=0.3135）遗传多样性最高，河南商丘组群（H=0.1304，I=0.1998遗传多样性最低），五个组群的遗传分化系数（Gst）是0.3251。AMOVA分析结果表明，地区间的变异仅占总变异度的6.41%，组群间的变异度占36.07%，组群内变异度占57.52%，表明病菌的变异主要来自组群内。五个组群群体间的基因流是1.0379，表明炭疽叶枯菌在组群间存在一定的交流。同一地区内，自嘎啦品种采集菌株的多样性比金帅品种采集菌株的多样性高。　　对采自山东牟平嘎啦果园的炭疽叶枯菌株030206进行了全基因组测序。结果表明，该菌株全基因组大小是59.59Mb，10505个基因，982个SSR位点。用Primer3软件设计838条引物，从中筛选出了25条SSR引物，并用FAM，HEX，ROX和TAMRA进行荧光标记。用25条SSR引物分析了栖霞、牟平、沂水、茌平、沾化等地96个炭疽叶枯病菌的遗传多样性。结果表明，96个菌株Neis基因多样性指数(H)为0.343，Shannon指数(I)为0.593。STRUCTURE分析结果表明，96个菌株可以被划分3个不同的组群，组群一(GC1)主要分布在山东西部，组群二(GC2)和组群三(GC3)主要分布于山东东部。AMOVA分析表明，群体间的变异度占总变异度的15%，群体内变异度占85%，炭疽叶枯菌组群内和组群间的都存在变异，其中组群内的变异大于组群间的变异。　　从三个组群中分别选取四个菌株YS01(GC1)、LC020101(GC1)、MP010202(GC2)和HY060202(GC3)评估其寄生适合度。结果表明，在嘎啦和金冠品种上，菌株YS01侵染形成的病斑个数最多，潜育期最短，产孢量最大，寄生适合度最强；菌株MP010202侵染形成的病斑数最少，潜育期最长，产孢量最少，寄生适合度最低。将四个菌株的分生孢子等量混合后，接种到离体和活体的苹果叶片上后，经连续5代的继代培养后，取病斑上产生的分生孢子用SSR检测，发现接种到离体嘎啦和活体金冠叶片上的四株炭疽叶枯病菌，经连续5代的培养后，只有菌株YS01(GC1)存活下来；而接种到活体嘎啦叶片上四个菌株，没有一个能存活下来，病叶上所检测到的24个菌株与所接种的四个菌株都不同；接种到离体富士叶片上的四个菌株，只有菌株YS01(GC1)存活下来，但在分离的24个菌株中，23个菌株都不同于原来的接种菌株。　　用10条ISSR引物检测了由单个菌株有性生长产生的8个子囊孢子的遗传多样性，来自同一个子囊的8个子囊孢子中，其中7个子囊孢子的多样性与亲代完全相同，由10条引物扩增出的多态性位点的数量和大小全一致；其中1个子囊孢子的多样性与亲代及其他7个子囊孢子的多样性不同，由816引物扩增出片段中，比亲代和其7个子囊孢子多出1个多态性条带。选取来自同一菌株有性生殖产生的一对正负菌株对峙培养，正负菌株交配产生子囊孢子后，再从子囊孢子中选取一对正负菌株对峙培养，继代培养5代后，用ISSR引物对每一代菌株的多样性进行检测，发现在有性生殖中，病菌的多样性发生了变化，不同菌株间，扩增片段不完全相同。