我国的专家辅助人制度发展缓慢,但不可否认专家辅助人意见在我国科学证据的审查适用进程中发挥了重要作用。专家辅助人制度发展至今,实践中出现了一些难以逃避的问题。因此,本文采取实证分析的方法,对研究样本进行数据统计与分析,结合全国有代表性、有影响力的案例以及研究样本中的真实案例,了解专家辅助人制度的运行状况,总结制度运行过程中出现的问题,并提出相关完善建议。专家辅助人制度在运行过程中显露出以下几点问题:第一,法律工作者对专家辅助人角色的理解存在混淆。从裁判文书样本可以反映出,法官、检察官、律师群体中均有将专家辅助人认定为有专门知识的人、专家辅助人、专家证人的情况,导致实践中专家辅助人称谓适用混乱,对专家辅助人角色认定有误,使专家辅助人承担了不应其承担的职能。第二,专家辅助人准入规则不明。专家辅助人能否获得准入资格是其参与后续诉讼活动的前提,然而立法没有对其准入作出详细规定,给了法官较大自由裁量权,使得一部分专家辅助人被排除在诉讼之外。第三,专家辅助人出庭及质证程序不规范。法律仅规定专家辅助人的出庭及质证均参照鉴定人的规定,立法的模糊使得专家辅助人出庭率低、出庭标准不明确、质证程序不规范等问题频发。第四,专家辅助人意见属性不明。我国一直没有将专家辅助人意见定位为法定证据,但却要求专家辅助人意见对鉴定意见提出质疑,导致法官对专家辅助人意见的采纳存在偏向性,对辩方专家辅助人意见的采信率较低。为解决上述问题,应当从以下几个方面完善专家辅助人制度。第一,廓清专家辅助人的角色,将质证权归还于律师,实现专家辅助人角色向专家证人转变。第二,对法官在专家辅助人准入方面的自由裁量权进行规制,对专门知识作出清晰的界定,细化专家辅助人资格准入规则。第三,规范专家辅助人出庭及质证程序,通过庭前会议及交叉询问规则的适用促进控辩双方的充分质证。第四,赋予专家辅助人意见科学证据属性,明确专家辅助人意见发挥不同作用功能时的采纳规则。