在全面深化改革和经济技术迅速发展的新形势下,现代公司对自主治理的创新需求日益增长,企业通过分析行业特点、自身发展阶段以及长期发展目标,创新出适合自身发展的公司治理模式,以便更好地提高公司治理效率,阿里巴巴集团便是如此。作为“互联网+创新”行业的翘楚,阿里巴巴集团打破传统公司股权治理模式,创新出一种合伙人制度用于集团内部治理,引发了较多的关注,业界称之为阿里合伙人制度。本文以阿里巴巴集团实施的合伙人制度为研究对象,深入分析阿里合伙人制度的本质和适用背景,探究它在公司股权治理制度方面的创新价值,并反思我国当前公司治理创新的制度环境。通过本文的分析论述,有助于丰富公司股权治理理论,也对电商企业乃至创新型企业探索合理的公司治理模式具有较强的借鉴意义。本文首先梳理归纳了国内外相关的文献研究成果,介绍与阿里巴巴合伙人制度相关的概念与理论基础。其次解读阿里巴巴合伙人制度的内容,发现马云团队实施合伙人制度最直接的目的是维持公司的控制权,通过拥有董事会过半数董事的提名权的方式来实现对公司的控制;更深入地探究阿里巴巴合伙人制度的本质,结合双重股权结构作深入剖析,发现阿里巴巴合伙人制度是一种新型的控制权安排和股权结构设计制度,它与双重股权结构都是创新的公司治理模式,在典型特征和发挥作用方面是极为相似的,即公司的控制权与持股权分离,两权分离使创始人或团队以较低的持股比例维持控制权;此外还分析了阿里巴巴集团采用合伙人制度的必要性、可行性、实施效果以及潜在风险四个方面,可以看出新的治理模式取得了明显的成效。最后针对阿里巴巴合伙人制度存在的问题提出优化建议。进一步得出企业自主创新治理和资本市场环境建设的启示。为其他企业上市和治理创新模式提供实践经验,同时呼吁我国出台相关政策和法律法规,承认多重股权结构的合法性,我国主要资本市场也应开放性地接纳多重股权治理模式并存,由此提升我国资本市场的活力与竞争力。