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苦瓜（Momordica charantia L.）属葫芦科苦瓜属,在我国已有几百年的栽培历史。以福建、广东、广西、台湾、湖南、四川等地栽培较为普遍,是我国南方重要特色蔬菜之一。现有研究主要集中在栽培、管理、生理、药用成分提取等方面的研究,在分子生物学方面的研究较少。本试验运用ISSR分子标记,对48个苦瓜样品的遗传多样性进行了研究。主要结论如下:1.结合苦瓜材料多酚类化合物和多糖等物质导致DNA提取困难的特点,对CTAB法进行改良,提出了一套提取高质量苦瓜DNA的方法。从苦瓜嫩叶提取的DNA适宜作为苦瓜ISSR分析。2.借鉴其它作物的研究成果,采用单因素优化与正交试验设计相结合的方法优化了ISSR扩增体系。在20μL的反应体系中,含2μL的10×Buffer(含Mg2+),30ng模板DNA,引物浓度为0.5μmol/L,dNTP的浓度为250μmol/L,TaqDNA聚合酶的用量为1.25U。按照此体系,在94℃预变性5min,94℃变性30s,在退火温度下退火60s,72℃延伸90s,进行40个循环,循环结束后72℃延伸10min。该体系扩增的谱带清晰,能满足苦瓜的ISSR分析。3.从96条随机引物中筛选出14条ISSR引物,对48个苦瓜样品进行了ISSR分析,共扩增出181条带,其中多态性为113条,多态性百分率为60.32%,同时研究中发现ISSR引物中含有（GA）n、（AG）n序列的在苦瓜上扩增出的多态性较高,说明苦瓜基因组中（CT）n/（TC）n含量丰富。4.对供试的48个苦瓜品种进行聚类分析,结果表明:它们之间的遗传相似系数在0.685～0.865之间,揭示了不同来源苦瓜品种之间遗传多样性、遗传相似性与亲缘关系,进一步明晰了苦瓜品种间的遗传距离,为苦瓜育种工作提供了一定的理论基础。