近年来,经济改革给我国的经济增长带来了新机遇,但是环境污染投入的不足,也是我国当前环境状况跟不上我国经济发展的原因。如今我国的经济发展速度仍然处于快速发展的阶段,与此同时,资源的消耗也愈来愈严重,带来了生态环境的加剧恶化。目前,环境形势和资源短缺已经成为我国经济持续发展的重要阻碍,实施有效可行的环境治理政策已经迫在眉睫。对此,要着力解决我国经济发展与环境保护之间的矛盾,保证高质量发展,提高环境效率,让环境成为推动我国经济发展以及绿色发展可持续的正作用力。因此,对环境效率的测算及评价研究有重大意义,有助于分析资源消耗和影响环境污染的因素,进而可以推动环境效率治理的改善。本文利用1999-2016年省际数据,在考虑了外部环境与随机误差因素的情况下。首先运用三阶段DEA模型测算了相同环境下各区域真实环境效率水平、变化趋势情况,分析了我国环境效率各区域间的发展状况以及差异。随后,运用Bootstrap方法对区域间各环境效率进行置信区间的估计。其次,运用Tobit回归模型探讨了我国环境效率的影响因素,并尝试找出影响环境效率的主要因素。研究结果表明:(1)经济规模和城市人口密度对环境效率有较大的正面影响,且经济因素对环境效率的影响更大;(2)第二产业增加值占比对我国环境效率的影响为负,我国的工业污染治理效率有待进一步提高;(3)第三产业增加值占比(TR)、国内专利申请授权量(ADP)以及进出口贸易总额占地区GDP比重(DT)对环境效率的影响较小,说明技术进步和贸易依存度对环境影响的影响较小。