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两栖动物是森林生态系统中重要的组成部分,对生态系统的物质循环和能量流动起到至关重要的作用;两栖动物也是脊椎动物从水生到陆生的重要过渡类群,其生活史周期离不开水、皮肤通透性高等特点使其对栖息地环境变化极其敏感。因此,两栖动物是森林生态环境质量监控的理想指示物种,其群落结构特征也是评价该地区生态系统质量的重要参数。本研究以古田山国家级自然保护区内同域分布的花臭蛙与华南湍蛙为研究对象,采用微卫星分子标记的方法,对种群的遗传多样性和遗传结构进行对比分析,并结合景观遗传学方法,优化最小费用距离模型,实现景观连接度的定量分析和潜在廊道的准确定位,在生物多样性保护和自然保护区管理规划方面提供更为可靠的科学依据。本文主要研究结果如下:1、利用高通量测序的方法,从华南湍蛙基因组中开发了12对具有多态性的微卫星标记。使用一个华南湍蛙野生群体(26个)对通过筛选的微卫星标记的种群遗传学特征进行评价。共检测到92个等位基因,等位基因数分布范围为2～19,平均为7.67;观测杂合度分布范围为0.423～1.000,平均为0.808;期望杂合度分布范围为0.510～0.945,平均0.755;多态信息含量分布范围为0.375～0.922,平均为0.693。经Bonferroni校正,位点Aric06,Aric16,Aric25,Aric35和Aric49显著偏离Hardy-Weinberg平衡。连锁不平衡检测表明种群各配对位点间无连锁不平衡现象。2、利用7对华南湍蛙微卫星位点与7对花臭蛙微卫星位点对古田山8个种群进行遗传多样性检测。结果显示:华南湍蛙种群的平均有效等位基因为5.07(4.41～5.99);平均期望杂合度为0.78(0.74～0.80);平均多态性信息含量为0.73(0.71～0.75)。花臭蛙种群的平均有效等位基因为3.41(2.90～3.92);平均期望杂合度为0.66(0.62～0.73);平均多态性信息含量为0.57(0.53～0.62)。各种群期望杂合度均达到了较高遗传多样性的范畴,花臭蛙种群遗传多样性低于华南湍蛙种群,但仍然维持在高度多态水平。3、对华南湍蛙和花臭蛙8个种群间的遗传分化和遗传结构进行检测。分子变异分析(AMOVA)结果显示:华南湍蛙和花臭蛙种群间遗传变异主要来源于种群内部,局域种群间存在广泛的基因流。华南湍蛙种群间的遗传变异(3.01%)高于花臭蛙种群(1.25%)。根据Nei’s无偏差遗传距离分别构建种群间的UPGMA聚类图,华南湍蛙种群和花臭蛙种群均聚为两个谱系。4、基于最小成本距离模型对古田山华南湍蛙和花臭蛙种群的景观连接度进行定量分析,结果显示:在最佳模型下,硬阔类对于华南湍蛙阻力最小,保持缓冲区硬阔叶林冠覆盖的溪流通道能够最大限度的连接华南湍蛙种群;而对于花臭蛙种群,马尾松类阻力最小,通过增加马尾松类的森林覆盖面积和减少杉木林面积来增加该地区的种群连通度。5、古田山自然保护区华南湍蛙和花臭蛙种群潜在生态廊道分布图显示:研究区域内花臭蛙的潜在扩散廊道数量多于华南湍蛙,花臭蛙种群间的景观功能连接度水平高于华南湍蛙种群。