结核杆菌利福平耐药性分析及耐药基因的快速检测

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结核病是一种由结核杆菌感染引起的慢性传染病。八十年代中期以来,由于全球对结核病的忽视、艾滋病的流行、耐药结核病的出现以及流动人口的增加等原因,全球结核病再次出现流行高峰。据世界卫生组织估计,目前全球约有 20 亿结核杆菌感染者,活动性结核的病人达 2000 万,每年新发结核的病人达 1000 万 ,每年有 300 万人死于结核病,结核病已成为传染病的头号杀手。我国属于全球 22 个结核病高负担国家之一,病人数居全球第二。我国的结核病疫情具有高患病率、高耐药率、高死亡率、高感染率、低递减率及病人发现率低等“四高二低”的特点。广西的结核病疫情形势也很严峻,现有结核菌感染者 1500 万人,结核病患者 30 万余人,其中传染性肺结核患者 6万人,每年因结核病死亡者近万人。 耐多药结核病(MDR-TB)是指至少对抗结核药物中异烟肼(INH)和利福平(RFP)产生耐药的结核病,被WHO认定为全球结核病疫情回升的第三大因素。由于90%的结核杆菌RFP耐药株同时也对INH耐药,因此,RFP耐药被认为是多耐药的重要性标志。而近期的研究表明,RFP的耐药与结核杆菌rpoB基因的突变有关。因此,本课题以RFP为代表,进行结核杆菌耐药基因突变的检测方法研究,以寻找一种高效、快速、简便的RFP耐药性检测方法。 方法:1、首先根据药敏试验结果,对广西地区77株结核杆菌临床分离株的耐药情况进行分析,然后提取样本DNA,扩增rpoB基因,用DNA测序法检测77株临床分离株rpoB基因的突变情况,分析rpoB基因的突变与耐药的关系。2、利用基因芯片技术,对77株结核杆菌临床分离株及27份临床诊断为“肺结核”住院患者的晨痰标本,进行rpoB基因突变的检测,分析rpoB基因的突变类型,以及突变与耐药之间的关系。3、利用反向点杂交膜片技术,对63株结核杆菌临床分离株及27份临床诊断为“肺结核”住院患者的晨痰标本,进行rpoB基因突变的检测,分析rpoB基因的突变类型,以及突变与耐药之间的关系。 结果:1、77株临床分离株的药敏试验结果显示:对RFP耐药的62株临床分离株中,有61株同时对INH耐药,MDR-TB占98%(61/62)。DNA测序发现,91.9%(57/62)以上的RFP耐药株存在rpoB基因的RFP耐药决定区的突变,以531、526及516位点的突变为主,其中531位点的突变占59.6%(34/57),526位点的突变占19.3%(11/57),516位氨基酸的点突变占10.5%(6/57),两个位 2<WP=4>点的联合突变占5.3%(3/57),未检测到发生缺失或插入突变的菌株。2、用基因芯片对77株结核杆菌临床分离株的检测结果显示:62株药敏试验结果为RFP耐药的临床分离株中,57株芯片检测结果判定为RFP耐药株;15株药敏试验结果为RFP敏感的临床分离株中,12株芯片判定为敏感株。与传统药敏试验结果比较,基因芯片法检测的灵敏度为91.9%(57/62),特异度为80%(12/15)。对27份痰标本的检测结果为:13份药敏试验报告为RFP耐药的痰标本中,芯片检测结果有12份判定为RFP耐药;14份药敏试验报告为RFP敏感的痰标本,芯片检测判定其中的11例为RFP敏感型。与传统药敏试验结果比较,基因芯片检测痰标本的灵敏度为92.3%(12/13),特异度为78.6%(11/14)。3、利用反向点杂交膜片技术,对63株临床分离株进行检测:10株药敏试验结果为RFP敏感的临床分离株中,膜片未检测到突变;53株药敏试验结果为RFP耐药的临床分离株,其中的48株膜片检测到突变,判定为耐药株,另5株未检测到突变。与DNA测序结果比较,测序结果显示存在RFP耐药决定区突变的菌株,膜片均检测到突变,符合率为100%。与传统药敏试验结果比较,膜片检测临床分离株的灵敏度为90.6%(48/53),特异度为100%(10/10)。对27份痰标本的检测结果为:13份药敏结果为耐RFP的痰标本中,12份检测到RFP耐药决定区的突变,膜片检测判定为耐药;14份药敏结果为RFP敏感的痰标本,膜片未检测到突变。与传统药敏试验结果比较,膜片检测痰标本的灵敏度为92.3%(12/13),特异度为100%(14/14)。对10例临床分离株及10例痰标本的重复性试验结果显示,膜片检测的准确率平均为96.7%。 结论:1、广西地区 77 株结核杆菌临床分离株的耐药情况显示,98%的结核杆菌 RFP 耐药株同时也是 MDR-TB,RFP 耐药可作为多耐药结核杆菌的标志。2、RFP 耐药基因的突变情况与国内外的报道一致,以 531、526、516三个位点的突变为主,存在两个位点联合突变的现象,未发现其它新的突变位点。3、基因芯片可以满足检测 RFP 耐药基因的需要,一次可检测多个位点的突变,具有快速、灵敏、特异性高、信息量大的特点,是很有发展前景的检测手段。4、由于基因芯片制作成本较高,而且芯片的阅读需要借助昂贵的荧光扫描仪,因此它的普及与进一步推广受到较大的限制。5、反向点杂交膜片技术同样可以满足检测 RFP 耐药基因的需要,一次可检测多个位点的突变,具有快速、灵敏、特异性高、价格低廉、操作简便、重复性好等特点,可以替代基因芯片进行 RFP 耐药性的检测。6、反向点杂交膜片技术用生物?
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