甘薯SSR-PCR反应体系的优化及遗传多样性研究

来源 :海南大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:slgull
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甘薯作为中国第五大粮食作物,同时也是重要的轻工、化工、纺织、铸造和制革的原料,对国民经济有重要意义。在中国大部分地区,甘薯主要为无性繁殖,而海南岛属亚热带地区,满足甘薯开花结果条件,得天独厚的热带季风气候可为其育种和周年生产提供有力的环境条件。但实际上,目前海南地区主栽甘薯品种较少、且部分品种品质指标相对较低。在甘薯产业发展上,未充分发挥出海南(较北方地区)的地域优势。因此,大量收集甘薯种质资源,理清其遗传关系,并选育出适合海南地区栽培的多抗、高产、专用型优良甘薯品种,将大力推动海南甘薯产业的发展。本研究优化了甘薯SSR-PCR反应体系,并利用SSR分子标记技术对30份甘薯种质资源进行了遗传多样性研究,旨在为今后的甘薯选育提供一定的理论基础。本研究共得到以下结果:(1)建立了甘薯单重和多重SSR-PCR反应体系。该反应体系包括:10μL2×PCRMix、100ng模板DNA、0.4μmol/L引物,1μL甘油,总体积20μL;扩增程序为:94℃预变性4 min,94℃变性45s、Tm+5℃~Tm-5℃ (每循环退火温度下降0.5℃, Tm选用一对引物中的较小Tm值)退火30s (退火时间因扩增片段大小而异)、72℃延伸1min共20个循环,94℃变性45s、Tm-5℃退火30s、72℃延伸1mi n共15个循环,最后72℃延伸7min,4℃保存;聚丙烯酰胺电泳上样量以1.5-2μL为宜。在单重SSR-PCR的基础上,甘薯2~3重SSR-PCR的体系每增加1重SSR,则增加相应引物的量以及减少相应去离子水的量,其余成分不变。对于条带缺失或太强情况,可适当增加或减少对应引物浓度,条带较弱情况则可根据引物信息适当调节体系中Mg2+、dNTP、Taq酶含量。(2)利用SSR技术对30份甘薯材料的遗传多样性和聚类分析,30对引物共扩增出118个清晰条带,其中多态性条带为99条,多态性百分率达到83.9%,每对S SR引物扩增出的等位位点数为1-9个,平均每对引物扩增出3.93个条带。在遗传相似性系数为0.61处可将30份材料分为俩大类,第Ⅰ类在0.66处可分为三小类,共22份材料;第Ⅱ类共8份材料。亲缘关系较近的甘薯种质资源聚类较为集中,且亲缘关系及其薯肉颜色具有相关性,颜色越深则亲缘关系相对越近,聚类结果未表现出一定的种质来源地域性。(3)筛选出13对适合多重PCR的SSR引物,其中引物C55由于表现出众,被确立为核心引物,并利用6对条带清晰易读的引物成功构建了 30份甘薯材料的分子指纹图谱。后期课题组将继续收集甘薯材料,为更高效快捷的判断其遗传差异,需继续加强引物(尤其是核心引物)的筛选工作。
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