棉花早熟性状相关基因的定位与鉴定

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作物的早熟性是一个复杂的数量性状,而早花是陆地棉早熟性的一个重要标志。本研究采用早熟品种鲁棉研19号和中熟品种鲁棉研37号进行杂交,构建了F2和F2:3分离群体,对现蕾和开花性状进行了分析,并从F2群体中选择极早和极晚开花的单株分别组建了两个极端池,采用高通量测序技术对亲本和两个极端池进行全基因组重测序,利用鉴定筛选的SNP和In Del标记及已报道的早熟相关SSR标记构建了遗传图谱,对早熟性相关QTLs进行了精细定位,进一步确定了相关候选基因。主要结论如下:1、正常春播条件下,鲁棉研19号的开花时间比鲁棉研37号提前9-10d,播种至现蕾和播种至开花天数在F2:3分离群体呈正态分布,表明棉花早熟性状是由多基因控制的数量性状。2、采用BSA-seq方法对鲁棉研19号、鲁棉研37号以及早花池和晚花池进行了重测序,每个样本的检测指标均为Q20≥92.55%、Q30≥85.22%,GC含量分布正常。以鲁棉研37号为参考亲本,对早花池和晚花池的测序结果进行比对,筛选SNP、InDel,运用QTL-seq方法分别计算Δ(SNP-index)和Δ(InDel-index),在陆地棉第17号(D3)染色体物理位置12 Mb-27.17 Mb和38.94 Mb-42.23 Mb存在SNP不平衡,在13.4 Mb-26.2 Mb和38.66 Mb-43.21 Mb之间存在InDel不平衡,而以上区域的Δ(SNP-index)和Δ(InDel-index)在95%的置信水平下大于阈值,确定此为早花QTL的候选区间。3、基于重测序数据,在候选区间内进一步开发SNP和InDel标记,利用WinQTLCart2.5和IciMapping V4.0软件对F2:3家系群体进行现蕾和开花性状的精细定位。在第17号(D3)染色体上分别检测到2个与现蕾天数相关的QTLs,qBP-17-1和qBP-17-2;2个与开花天数相关的QTLs,qFT-17-1和qFT-17-2。并将候选区间分别缩小为15.96 Mb-25.68 Mb和40.33 Mb-41.40 Mb。4、根据ANNOVAR注释的结果,在候选区间内分别确定51个和24个候选基因,进一步确定了3个可能与开花相关的候选基因,利用生物信息学和荧光定量的方法进行了结构分析和表达验证。
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