目的：结合某医院临床科主任绩效考核的实际情况，对现有的临床科主任绩效考核评价体系进行研究，分析现有体系存在的问题，为医院进行临床科主任的绩效考核提供有效的工具，也为医院对科室和科主任的绩效管理的持续改进提供依据。　　 方法：运用分层整群随机抽样方法，选取7个专业的57个科室，对131名临床医护人员及管理人员进行统一问卷调查，并对医院职能部门的主要管理人员进行深入访谈。　　 结果：重新修订了临床科主任绩效考核评价指标体系，确定包括五个维度的71项指标作为临床科主任绩效考核的备选指标，其中一级指标5个（即五个维度）、二级指标18个、三级指标71个，并分别给5个一级指标确定了权重。选择新确定的考评指标体系中的可用指标，于2009年度据对临床科主任的工作进行年度的绩效考核，基本反映出了各科室的实际运行情况和存在的问题。　　 结论：运用平衡计分卡的原理对临床科主任进行绩效考核，在分解医院整体战略目标的基础上，根据科室的具体特点选定指标，既能够保证科主任个人和科室的发展与医院的发展预期相一致，又能够保证科主任个人和科室通过绩效考核找准工作中存在的问题。