基于生物信息学的前列腺癌骨转移关键基因分析及通路研究

来源 :华北理工大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:allen_liliang
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目的利用生物信息学挖掘前列腺癌骨转移的关键基因和通路,为前列腺癌骨转移的预防和治疗提供新的研究方向。方法1从基因表达数据库(GEO)检索筛选得到包含20例前列腺癌骨转移样本和69例前列腺癌淋巴结转移样本的基因芯片数据集GSE74685。利用R语言Limma包对原始数据进行预处理并筛选差异表达基因(DEGs)。通过基因功能注释在线工具DAVID对DEGs进行GO功能富集分析和KEGG通路富集分析。利用STRING在线检索工具及Cytoscape软件构建DEGs的蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,并用MCODE和cyto Hubba插件筛选重要模块和关键基因。通过HCMDB数据库和GEPIA网页分析工具对关键基因的表达、生存预后以及诊断价值进行验证。2结合白藜芦醇(Res)与关键基因和通路的作用关系,使用Res处理前列腺癌DU145细胞,通过CCK-8增殖实验、划痕实验以及Transwell侵袭实验探究该药物对前列腺癌骨转移的影响。结果1从GSE74685数据集中筛选出2022个DEGs,包括842个上调基因和1180个下调基因。GO功能富集分析显示DEGs主要在细胞外基质组织、胶原分解代谢过程、对机械刺激的反应、中性粒细胞趋化性的正调控方面富集;KEGG通路富集提示粘着斑、细胞外基质受体相互作用、系统性红斑狼疮以及癌症中的蛋白多糖是DEGs富集的主要信号通路。通过PPI网络筛选得到11个关键基因,分别为EZH2、PLG、SRC、CAV1、CHD4、HIST2H2BE、KDM1A、POLR2E、VWF、APOE、THBS1。对11个关键基因的表达验证发现AOPE、POLR2E、CHD4、EZH2、SRC、KDM1A的m RNA表达水平在前列腺癌骨转移和淋巴结转移样本中确有差异(P<0.05)。其中APOE、EZH2和SRC与患者的无进展生存期或总生存期有关,并且三个基因的AUC值均大于0.50,对前列腺癌骨转移具有良好的诊断性能。2 CCK-8实验结果显示Res可以抑制前列腺癌DU145细胞的增殖,并且抑制作用具有浓度依赖性。Transwell侵袭实验发现Res组穿过小室的细胞数少于乙醇组(P<0.05),说明Res对DU145细胞的侵袭能力具有抑制作用。划痕实验表明,Res组的24h后的划痕面积大于乙醇组,修复比例显著小于乙醇组(P<0.001),说明Res可以有效的抑制DU145细胞的迁移能力。结论1前列腺癌骨转移与淋巴结转移有2022个差异表达基因,这些基因主要通过粘着斑和细胞外基质受体相互作用等信号通路发挥作用;其中关键基因EZH2、APOE、SRC与预后有关,并且具有良好的诊断性能,可能是前列腺癌骨转移预后评价、诊断、治疗的潜在靶标。2白藜芦醇可能是前列腺癌骨转移的潜在治疗药物。图11幅;表1个;参155篇。
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