基因组岛是基因组中的特定区域片段,与水平基因转移密切相关,具有特殊的结构,常常携带致病、耐药及与适应性等功能相关的基因。基因组岛在不同物种之间移动,造成了相关基因的跨种属传播,这对物种进化和新功能获得具有重要意义,也是目前微生物研究领域的热点问题之一。本文系统地分析了不同物种之间基因组岛的差异,设计了基于基因组岛的物种进化分析方法,构建了基因、基因岛与进化分析于一体的分析平台。主要内容安排如下:1.综述了基因组岛的预测方法,总结了系统发育树的构建方法。根据输入样本的差异性分类介绍了基因组岛的预测方法,分析了系统发育树构建方法的差异,并讨论其优缺点,为本文的更进一步的研究打下了理论基础。2.提出了一种基于基因组岛的进化树构建方法。通过置信区间筛选了宿主的特征,利用特征分布的峰度差异实现核心特征的挑选,通过双样本T检验实现对窗口的打分,结合显著性检验方法构建相似矩阵从而构建进化树。通过三组标准数据的比较分析,发现通过识别比较不同物种的基因组岛信息,能否发现细菌的基因转移路径,为物种进化分析提供了新视角。3.构建了基因组岛数据库与进化分析平台。收集了 7000多条基因组数据,整理了预测的基因组岛、基因注释、功能注释等信息,构建了基因组岛数据库;根据基因组岛的分布特点,搭建了进化分析平台,实现了通过基因组岛数据库挖掘进化关系;设计了基因组岛和进化数据的联动图表,实现了基因组岛与进化树的复合可视化;对基因组岛数据库及分析平台进行了 Web发布,实现了基因组岛的在线查看、预测、注释与分析。