新农合区别于老农合之处在于政府的主导作用，政府介入农民医疗保障问题是维护社会公平的需要，事实上新农合作为改变农民医疗购买力的手段本身也不违背效率原则，制度的良好运行将带来公平与效率兼顾的效果。经过几年的运行新农合已取得一定保障效果，但由于制度设计存在缺陷导致供需矛盾逐渐显现。为此本文以福利经济学、卫生经济学、信息经济学等理论为研究方法，首先从政府与农民行为的理论分析入手阐述了供需矛盾产生的理论原因，并运用拉格朗日函数验证了制度的运行效率既取决于供方又取决于需方，需要双方的共同投入；其次构建了供需矛盾模型，主要是逆向选择模型以及共付保险效用模型，并通过构建分离均衡模型进行供需矛盾解决方案的理论探讨；在此基础之上对供需矛盾进行实证分析，即逆向选择问题与保障不足问题，并从制度设计层面探讨供需矛盾产生的原因；最后在理论模型的指导下与现实实际相结合提出针对性的对策建议，特别是引入分离均衡模型，力求较好地解决新农合实施中的供需矛盾。这里所探讨的供需矛盾事实上是将新农合看成一种产品，供方政府在提供这种产品时与需方农民产生的矛盾，并非新农合制度中的供需矛盾。在不增加政府负担的前提下确保农民能够获得充足的保障是供需双方的最佳平衡点，符合福利经济学强调政府禀赋再分配与竞争性市场相结合的基本原理，注重完善制度设计以提升农民的购买力，实现既公平又效率的局面。新农合对农民的保障主要体现在保障程度与保障种类两方面，由于制度遵循大数法则的原理运作，逆向选择会影响农民的保障程度，而自愿性参保机制及大病统筹为主的保障理念会加重农民的逆向选择。因而最终提出应坚持住院统筹与门诊统筹相结合的双统筹模式，并采用分离均衡模式进行分级缴费、分级补偿，强调政府与农民的双重责任，积极探索农民工异地就医费用联网结算办法，增强他们的参保意愿，并逐步向强制性参与过渡，以期解决新农合实施中的供需矛盾，真正将制度的保障功能落实到实处。