住房公积金制度的建立本质上是一种产权的重新界定和安排。这一新的产权安排产生的利益结构调整效应和资源配置效应导致了一系列的公平性问题。本文以相对均等的公平观为基础，构建了住房公积金制度的公平标准，通过这一指标衡量住房公积金制度在建立和运行过程中是否公平；在此基础上，我们既分析了在避税效应和挤出效应下，住房公积金制度建立对不同群体税后收入的影响差异；也分析了住房公积金制度运行效率、使用政策和增值收益分配政策对运行过程相关群体的利益的影响，从而衡量了当前住房公积金制度建立和运行两方面的公平性。针对住房公积金制度的一些不公平，我们运用产权理论分析了造成这些不公平的根本原因。本文主要研究的结论如下：（1）住房公积金制度存在两类不公平，一类是由住房公积金制度建立造成的不公平，一类是住房公积金制度运行过程中的不公平；（2）制度建立造成不公平主要是因为住房公积金存在避税效应和挤出效应，影响这一公平性的直接因素包括缴交比例、收入适用税率和劳动力市场供需弹性的差异；（3）制度运行造成不公平的直接原因既与住房公积金制度的运行效率低下有关，也与住房公积金制度增值收益分配政策有关，但是与其他研究结论不同的是，我们认为从相对平等的公平观来看，当前住房公积金制度以存定贷政策不仅没有导致不公平，反而促进了公平；（4）导致制度建立和运行不公平的根本原因是产权原因，这主要包括不同企业的所有者和经营者之间存在不完全契约，住房公积金制度运行过程中存在不完全契约，不仅如此，住房公积金制度的产权安排改变了利益配置结构，而且是无效率的产权安排。有鉴于此，本文提出改善住房公积金制度公平性问题的建议如下：（1）完善住房公积金制度的政策设计，设定与收入倒挂的缴交比例，统一免税率；（2）改善国有企业公司治理，通过剩余索取权加强激励，减少国有企业或单位经营管理者与所有者之间的利益不一致，降低制度建立造成的不公平；（3）加强对住房公积金制度运行过程中相关主体的激励，减少对住房公积金使用权、转让权的限制，废除住房公积金增收收益分配不合理的规定，明细住房公积金的产权。